DAIRRy-BLUP:一种用于基因组预测的高性能计算方法

DAIRRy-BLUP 用于基因组预测的分布式 AI-REML 岭回归最佳线性无偏预测框架。 该软件由 Arne De Coninck 开发，只能用于研究目的。 由于基因分型成本的降低以及对改善动植物农艺性能的兴趣日益增加，用于基因组预测的基因组数据集不断增长。 为了能够处理这些大规模数据集，基于消息传递接口和 ScaLAPACK 库开发了分布式内存框架。 算法的复杂性由基因组预测设置中包含的 SNP 数量定义； 个体数量只对读入时间有线性影响。 为了提高性能，建议在 MPI 优化的机器上编译和执行 DAIRRy-BLUP。 ＃安装 依赖关系 DAIRRy-BLUP 严重依赖以下软件包，这些软件包必须在安装 DAIRRy-BLUP 之前安装。 除了供应商优化的实现之外，这些软件包都是开源的。 MPI（ 、 、 ） 及其所有依赖项 BLAS、BLACS、LAPACK、PBL