md-analysis-tools:使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本

md-分析工具 使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本 描述 脚本将在给定 .gro 和 .xtc/.trr 文件的情况下运行分析。 （它期待 GROMACS 输出，但可以轻松调整其他类型的 MD 包输出）。 大多数分析目录（比如local-rmsd ）都有一个关联的 tcl 文件（比如local-rmsd.tcl ）=，它实际上是通过 vmd 传递的，这会产生大量难以理解的输入。 local-rmsd.py然后处理此输入并以人类（和“R”）可读格式将其吐出。 可以使用每个目录中的run-me.sh脚本对多个文件运行分析。 分析目录有时具有关联的.R文件，用于绘图和/或进行进一步分析。