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EnDED:EnDED是旨在检测关联网络中环境驱动的(“间接”)边缘的程序
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2021-02-12
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环境驱动的边缘检测程序 解析微生物关联网络中的环境影响 尽管微生物之间的生态相互作用是生态系统功能的基础,但大多数仍然未知。 高通量组学可以通过推断空间或时间上的物种相关性(可以表示为网络)来帮助揭示微生物相互作用。 这些网络中的关联可以指示物种之间的生态相互作用,或者表明相似或不同的环境偏好。 因此,重要的是要弄清这些关联并确定两个物种是否相关,因为它们在生态上相互作用,还是因为它们与非生物或生物环境因素相关。 我们开发了一种方法来确定由于环境偏好而在网络中是否存在两个物种。 我们使用四种方法(“信号模式”,“重叠”,“交互信息”和“数据处理不平等”)组合起来可以检测网络中哪些关联是环境驱动的。 该方法在公开可用的软件工具EnDED中实现。 一般用法说明 EnDED是旨在检测关联网络中环境驱动的(“间接”)边缘的程序。 生成文件包含生成所有必需命令以编译程序的代码。 在终端中进入文件夹E
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EnDED-master.zip (56个子文件)
EnDED-master
FromDataSimulationToEvaluatingEnDED.RMD 30KB
Makefile 504B
src
overlap.hpp 475B
mutual_information.hpp 574B
log.cpp 22KB
triplet.cpp 30KB
prob.hpp 3KB
convert_to_string.cpp 824B
error_handling.cpp 2KB
min_max.hpp 198B
output_help_message.hpp 213B
triplet.hpp 4KB
output_extended_nw.hpp 2KB
data_processing_inequality.hpp 501B
data_processing_inequality.cpp 1KB
co_occurrence.hpp 290B
mutual_information.cpp 931B
sign_pattern.cpp 2KB
ID_ENV_edges.cpp 10KB
output_extended_nw.cpp 15KB
output_version_message.cpp 472B
prob.cpp 22KB
log.hpp 7KB
disc_vectors.hpp 1KB
ID_ENV_edges.hpp 2KB
disc_vectors.cpp 8KB
output_version_message.hpp 208B
output_help_message.cpp 10KB
co_occurrence.cpp 2KB
min_max.cpp 645B
convert_to_string.hpp 430B
tracker.cpp 9KB
overlap.cpp 4KB
main.cpp 20KB
sign_pattern.hpp 435B
error_handling.hpp 1008B
tracker.hpp 4KB
LICENSE 34KB
network_evaluation.cpp 53KB
Preliminary_EnDED_Abstract.pdf 78KB
README.md 21KB
logo_EnDED.png 48KB
BBMO_data
BBMO_Genus_for_Matching_PIDA.tsv 158KB
BBMO_Network.tsv 6.36MB
BBMO_ENV.tsv 13KB
BBMO_Abundances.tsv 780KB
BBMO_Triplets.tsv 5.23MB
BBMO_Taxonomy.tsv 439KB
test_data
Input
ID_abundance.txt 227KB
network.txt 1.15MB
ENV_parameters.txt 3KB
ID_ENV_edges.txt 17KB
log_2019-06-15_11h02min25sec.txt 4KB
Output
disc_vectors.txt 947KB
triplet_info.txt 2.04MB
extended_network.txt 2.65MB
共 56 条
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