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TemporalNetworkBBMO:暂时性海洋微生物BBMO网络的数据和代码
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2021-04-09
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数据和代码:消除海洋微生物网络中的时间关联 预印本:即将推出 该存储库包含重做分析所需的数据: (BBMO微生物序列丰度(ASV表),分类学分类和环境数据(包括营养)) 网络 R-Markdowns用于数据分析 运行eLSA进行网络构建的命令 用于运行EnDED的命令,以进行环境驱动的边缘检测和计算Jaccard索引(可在此处获取EnDED: : ) 关于数据可用性的说明:BBMO微生物序列丰度(ASV表),分类学分类,包括养分在内的环境数据将在接受后公开提供。 数据当然可以应要求提供给编辑和审阅者。 接触 ina.m.deutschmann [at] gmail.com
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TemporalNetworkBBMO-main.zip (18个子文件)
TemporalNetworkBBMO-main
4_CorrelationAnalysis
CorrelationAnalysis.Rmd 5KB
2_Networks
NW_preliminary.tsv 4.63MB
Network_ID.tsv 6KB
NW_temporal.tsv 5.13MB
NW_static.tsv 1.32MB
NW_CoOcc.tsv 1.12MB
NW_withEnDED.tsv 12.46MB
3_NetworkProperties
NW_properties_overview_staticNW.tsv 1KB
AssociationPrevalence.tsv 1.18MB
NetworkProperties.Rmd 58KB
NW_properties_overview_dynNW.tsv 65KB
LICENSE 34KB
0_FromASVTableToTemporalNetwork.Rmd 41KB
README.md 1KB
5_AnalysisWithTaxonomicClassifications
AnalysisWithTaxonomicClassifications.Rmd 16KB
6_Cyanobacteria
networks_Cyano.gephi 3.74MB
Blast_Cyanorak_v2
sequenceserver-std_tsv_report-2.tsv 225KB
Cyanobacteria.Rmd 23KB
共 18 条
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