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Chromatin_Analysis_2020_cell:壮实验室中染色质追踪项目的源代码和示例脚本-ce source cod...
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染色质_细胞2020分析 ( ) 代码存储库,用于分析使用顺序杂交或DNA-MERFISH获得的染色质成像数据 该存储库包含两个主要部分: Combinatorial_tracing-包含用于分析使用DNA-MERFISH获得的基因组规模染色质示踪数据的代码和示例脚本,DNA-MERFISH是一种用于大规模复用FISH的组合成像方法。 代码分为不同的类别,每个类别包含在一个单独的子文件夹中。 这些子文件夹中的每个子文件夹都包含一个“功能”文件夹,其中所有功能和类均在.py文件中定义。 此外,它还包含Jupyter笔记本(.ipynb)文件,演示了这些功能的使用: 一种。 BarcodeGeneration-包含用于生成条形码并将其分配给感兴趣的基因组位点的代码和示例脚本 b。 ImageAnalysis-包含用于分析原始显微镜图像并获得每个个体细胞中基因组位点的一组3D位置的所有代
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Chromatin_Analysis_2020_cell:壮实验室中染色质追踪项目的源代码和示例脚本-ce source code (192个子文件)
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Design_library_chr2.ipynb 1.86MB
Part2_chr21_Compartment_Analysis_with_transcription.ipynb 1.47MB
py36-test-checkpoint.ipynb 1.21MB
Part5__AmanitinTreatement.ipynb 748KB
Design_Barcodes.ipynb 339KB
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CTP-06_chr21-5kb_promoter.ipynb 95KB
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Part1_chr21_DomainAnalysis-checkpoint.ipynb 71KB
Part3_CompartmentAnalysis_and_Domain-Domain_Interaction_chr2-checkpoint.ipynb 66KB
Part2_Compartment_Analysis_chr21-checkpoint.ipynb 42KB
Part2__FittingSignalAndDecoding.ipynb 39KB
Part2_Trans-chromosomal-Interactions.ipynb 26KB
Part6__ProximityMap-nonSpeckleAndLamina.ipynb 20KB
Part4_NuclearLandmarks.ipynb 18KB
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Part1__MedianDistanceAndProximityMaps.ipynb 13KB
Part3__Nuclear_Bodies.ipynb 11KB
Part3_RelationBetweenTrans-InteractionAndActivity.ipynb 9KB
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probes.py 24KB
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