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Chromatin_Code:边界积分模拟工具,用于核内的染色质组织
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2021-02-11
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染色质代码 该代码在存在刚性约束(当前为Sphere / Elliposid)的情况下,对珠状弹簧聚合物(染色质)进行布朗动力学仿真。 输入参数必须在Variables.f90文件中,并带有以下一组参数N:需要模拟的珠子/链的数量Nc:系统中的链数量Ntr:布朗示踪剂颗粒的数量(可以是 Rs =约束aoc的有效半径,boc = a / c与b / c的比率(对于一个球体= 1)k_on / k_off =分子马达的开/关速率 先决条件 gfortran; OpemMPI和STKFMM作为依赖项: : 。 安装STKFMM并编译测试代码。 该说明可在github页面上找到(如果您有任何疑问,请随时联系)。 我还计划添加一个简单的代码版本,以评估任意域上的表面牵引力。 汇编 编译代码是一个向前发展的过程:make
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Chromatin_Code-master.zip (25个子文件)
Chromatin_Code-master
Interp.f90 4KB
gasdev.f90 2KB
Initdip.f90 1KB
Geo_val.f90 4KB
links.psf 256KB
Inverse.f90 2KB
Run.sh 922B
gauss_trgl.f90 3KB
BoundaryInt.f90 14KB
ActiveForces.f90 3KB
Initconfig.f90 2KB
Cholesky.f90 1KB
Ext_mod2a.f90 17KB
Pos.f90 4KB
sgf_3d_fs.f90 5KB
Leonard_jones.f90 16KB
Spring.f90 2KB
script.vmd 1.02MB
Variables.f90 1KB
Extract.f90 8KB
Makefile 2KB
README.md 987B
sdlp_3d_interp.f90 4KB
factors.f90 1KB
Greens_fs.f90 6KB
共 25 条
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