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BODscore:识别出的SNP的计分方法
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2021-05-10
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快速开始: git clone --recursive https://github.com/Cibiv/BODscore cd BODscore bash ./install.sh 功能性: 重新评估被叫SNP的质量(以VCF格式提供)。 返回值: 基于的SNP(BOD评分)的可靠性 SNP周围参考的每个核苷酸的覆盖率返回为: 制表符分隔的文件(SNP周围制表符分隔的文件,其覆盖范围为+/- floor(1.5 * read length) ,其块用\t|\t分隔): 一个覆盖范围写为Blob列SQLite3数据库(一种更快的选择)。 可以使用提供的Python ReadCoverage.py类和相关脚本读取数据库 QdrArray对象中返回以下coverage数据: 导致完全匹配的读段具有100%的同一性( HI )和松散的匹配,介于90%和100%的同一性( LO )之间
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BODscore:识别出的SNP的计分方法 (316个子文件)
zlib.3 4KB
README.686 2KB
configure.ac 786B
zlib.adb 20KB
test.adb 13KB
zlib-streams.adb 6KB
mtest.adb 4KB
read.adb 4KB
buffer_demo.adb 4KB
zlib-thin.adb 3KB
zlib-thin.ads 15KB
zlib.ads 13KB
zlib-streams.ads 4KB
Makefile.am 818B
Makefile.am 577B
gvmat64.asm 16KB
inffas32.asm 16KB
match686.asm 15KB
inffasx64.asm 10KB
short.bam.bai 424B
short.bam 4.85MB
bld_ml32.bat 92B
bld_ml64.bat 86B
bndsrc 8KB
Makefile.bor 3KB
Makefile.bor 3KB
DotZLib.build 1KB
sqlite3.c 5.2MB
shell.c 138KB
deflate.c 70KB
unzip.c 69KB
zip.c 64KB
inflate.c 52KB
trees.c 43KB
gzlog.c 40KB
inffas86.c 40KB
puff.c 37KB
gun.c 25KB
infcover.c 24KB
enough.c 24KB
infback.c 22KB
infback9.c 21KB
gzread.c 18KB
miniunz.c 17KB
blast.c 17KB
gzappend.c 16KB
example.c 16KB
untgz.c 16KB
gzlib.c 15KB
gzwrite.c 15KB
zran.c 15KB
minigzip.c 15KB
minizip.c 15KB
gzjoin.c 14KB
inffast.c 13KB
inftree9.c 13KB
crc32.c 13KB
inftrees.c 13KB
iowin32.c 12KB
fitblk.c 8KB
ioapi.c 8KB
mztools.c 8KB
testzlib.c 7KB
inffas8664.c 7KB
zutil.c 7KB
zpipe.c 6KB
adler32.c 5KB
pufftest.c 5KB
compress.c 2KB
uncompr.c 2KB
gzclose.c 678B
zfstream.cc 13KB
test.cc 1KB
ChangeLog 72KB
DotZLib.chm 71KB
compile.clp 5KB
zconf.h.cmakein 15KB
zlib.pc.cmakein 294B
make_vms.com 26KB
make_vms.com 901B
configure 25KB
README.contrib 3KB
ParseSNP.cpp 16KB
SqliteDb.cpp 8KB
Alignment.cpp 5KB
zfstream.cpp 5KB
Coverage.cpp 5KB
SamParser.cpp 5KB
Ident_hist.cpp 4KB
BamParser.cpp 2KB
FastaParser.cpp 1KB
VShape.cpp 966B
nvshape.cpp 782B
zstream_test.cpp 711B
test.cpp 526B
Coverage.cpp 98B
Parser.cpp 96B
BasisClass.cpp 78B
GZipStream.cs 11KB
DotZLib.cs 10KB
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