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PSST:多基因SNP搜索工具
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2021-05-14
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太平洋标准时间 多基因SNP搜索工具2.0版 图形概述 概述: 多基因SNP搜索工具是一个开放源代码管道,可识别与疾病相关的多个SNP ; 包括可修改其他SNP渗透率的SNP。 该管道标识: 断言致病性单核苷酸多态性 全基因组关联研究(GWAS)鉴定了SNP,并与数据库和数据集(例如ClinVar,SRA和GEO)交叉,然后构建了描述与疾病相关的多种遗传变异的报告。 依存关系: 生物蟒 用法: 主脚本psst.sh接受一个文本文件作为输入,其中每行对应一个唯一的SNP rs-accession,以及另一个包含唯一的SRA accession的文本文件或FASTQ文件。 然后,此脚本将输出一个TSV文件,该文件描述SRA数据集中包含哪些SNP。 Usage: psst.sh [-h description and usage] [-s SRA accessions] [-n SNP
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PSST-master.zip (24个子文件)
PSST-master
src
get_disease_phenotypes.sh 1KB
var_flanks_to_fasta.py 1KB
queries_with_ref_bases.py 7KB
call_variants.py 16KB
top_100_phenotypes.sh 1KB
get_phenotype_var.sh 492B
magicblast_sra.sh 978B
get_phenotype_sra.sh 523B
summary_table.sh 1KB
get_alleles.py 1KB
makeblastdb.sh 734B
magicblast_fastq.sh 728B
find_var_info.py 3KB
get_var_flanks.py 3KB
media
Polygenic_SNP_Search_Tool4.png 68KB
Polygenic_SNP_Search_Tool2.png 67KB
Polygenic_SNP_Search_Tool3.png 68KB
Polygenic_SNP_Search_Tool.pdf 33KB
Polygenic_SNP_Search_Tool.png 91KB
LICENSE 1KB
breast-ovarian_cancer.tsv 820B
README.md 2KB
psst.sh 5KB
.gitignore 187B
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