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microbiomeExplorer:Microbiome Explorer 提供了从 R 命令行或通过 Shiny 应用程序分...
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微生物组浏览器 用于微生物群落分析和可视化的 R 包。 安装和运行 Shiny 应用程序: BiocManager :: install( " zoecastillo/microbiomeExplorer " , ref = " master " ) 介绍 microbiomeExplorer 包和其中包含的 Shiny 应用程序提供了探索 16S rRNA 扩增子测序实验结果的方法和可视化。 分析可以完全通过 R 命令行执行,但该包的主要目的是使非计算用户能够通过 Shiny 用户界面访问其中的许多分析。 加载程序包后,可以通过调用MicrobiomeExplorerApp()在R环境中启动该接口,也可以通过在Shiny服务器上进行部署来使该接口可用。 本文档旨在介绍如何使用 Sh
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microbiomeExplorer:Microbiome Explorer 提供了从 R 命令行或通过 Shiny 应用程序分析和可视化微生物群落测序数据的方法。 由 Janina Reeder 和 Joseph N. Paulson 撰写 (197个子文件)
me.css 13KB
DESCRIPTION 2KB
analysis_inter_heatmap.jpg 187KB
data_input_features.jpg 179KB
data_input_phenotype.jpg 178KB
data_input_overview.jpg 166KB
data_input_samplebars.jpg 163KB
reports.jpg 154KB
analysis_differential.jpg 149KB
analysis_longitudinal.jpg 140KB
analysis_aggregation.jpg 137KB
data_input_filter.jpg 137KB
analysis_inter_beta.jpg 134KB
report_output.jpg 133KB
analysis_intra_faceted.jpg 131KB
analysis_correlation.jpg 129KB
analysis_features.jpg 116KB
analysis_diff_details.jpg 103KB
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analysis_intra_features.jpg 96KB
analysis_intra_alpha.jpg 89KB
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traceName.js 243B
handleModebar.js 227B
changeTable.js 184B
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Tutorial.md 19KB
README.md 6KB
LICENSE.md 1KB
NAMESPACE 2KB
NEWS 345B
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featplot.png 8KB
alphadiv.png 6KB
relAb.png 5KB
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inter_module.R 23KB
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intra_functions.R 19KB
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inter_functions.R 15KB
phenotype_module.R 12KB
feature_module.R 12KB
report_module.R 11KB
diff_module.R 11KB
qc_functions.R 10KB
corr_input_module.R 8KB
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ui.R 8KB
inter_input_module.R 7KB
feature_main_module.R 7KB
differential_functions.R 7KB
intra_input_module.R 6KB
long_module.R 6KB
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feature_functions.R 6KB
long_input_module.R 5KB
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longitudinal_functions.R 5KB
feature_input_module.R 4KB
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intra_analysis_module.R 4KB
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test-correlation_functions.R 2KB
test-agg_norm_functions.R 1KB
global.R 374B
test-inter_functions.R 320B
testthat.R 80B
.Rbuildignore 13B
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plotBeta.Rd 2KB
corrPhenotype.Rd 2KB
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plotSingleFeature.Rd 2KB
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plotLongFeature.Rd 1KB
plotAlpha.Rd 1KB
plotAbundance.Rd 1KB
makeQCPlot.Rd 1KB
plotAvgAbundance.Rd 1KB
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yilinwang
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