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RCM:基于模型的微生物组数据可视化方法
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2021-05-11
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RCM功能使用手册 出版物 在以下文章中详细描述了RCM软件包的基本方法: 。 安装和加载软件包 此仓库包含R代码,以拟合和绘制以负二项式表示的RC(M)模型。 此处演示了基本用法,有关更高级的示例,请参见以及RCM() , RCM_NB()和plot.RCM()函数的帮助页面。 可以从BioConductor安装该软件包,并使用以下命令加载该软件包: library( BiocManager ) install( " RCM " ) suppressPackageStartupMessages(library( RCM )) cat( " RCM package version " , as.character(packageVersion( " RCM " )), " \n " ) ## RCM package version 1.3.1 或者,可以直接从此GitHub存储库中
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RCM:基于模型的微生物组数据可视化方法 (161个子文件)
CITATION 568B
DESCRIPTION 1KB
.gitignore 158B
README.md 9KB
NEWS.md 2KB
NAMESPACE 957B
README-plotNPTriplot-1.png 95KB
README-plotlin3Triplot-1.png 57KB
README-plotRichness-1.png 45KB
README-plotUnconstrainedRCMallColour-1.png 44KB
README-plotlin3-1.png 39KB
README-plotUnconstrainedRCMall-1.png 39KB
README-plotlin2cor-1.png 39KB
README-plotCond-1.png 38KB
README-plotNP3Biplot-1.png 29KB
F_RCM_NB.R 34KB
F_plot.RCM.R 28KB
F_RCM.R 8KB
F_plotRespFun.R 7KB
F_estNPresp.R 5KB
F_residualPlot.R 5KB
F_addOrthProjection.R 5KB
F_LR_nb_Jac.R 5KB
F_extractCoord.R 4KB
F_buildCovMat.R 4KB
F_dLR_nb.R 4KB
F_NBalphaInfl.R 4KB
F_filterConfounders.R 3KB
F_buildConfMat.R 3KB
F_estDisp.R 3KB
F_LR_nb.R 3KB
F_estNBparams.R 2KB
F_estNBparamsNoLab.R 2KB
F_dNBllcol.R 2KB
F_buildCentMat.R 2KB
F_extractE.R 2KB
F_dNBllrow.R 2KB
F_respFunJacMat.R 2KB
F_NBjacobianCol.R 2KB
F_NBrowInfl.R 2KB
F_NBcolInfl.R 2KB
F_NBjacobianRow.R 2KB
F_liks.R 2KB
F_deviances.R 2KB
F_respFunScoreMat.R 1KB
F_constrCorresp.R 1KB
test-RCMinput.R 1KB
F_checkAlias.R 1KB
F_JacCol_constr_noLab.R 1KB
F_trimOnConfounders.R 1KB
F_inertia.R 1KB
F_ellipseCoord.R 1KB
test-RCMoutput.R 1KB
F_getDevianceRes.R 1KB
F_JacCol_constr.R 1KB
F_getInt.R 1KB
F_NBpsiInfl.R 1015B
F_dNBllcol_constr.R 997B
F_heq_nb.R 966B
test-plotRCM.R 917B
F_getRowMat.R 906B
F_dNBllcol_constr_noLab.R 901B
F_NBjacobianPsi.R 892B
F_indentPlot.R 817B
F_getLogLik.R 810B
F_dNBpsis.R 798B
F_dNBllcolNP.R 770B
F_NBjacobianAbunds.R 766B
F_NBjacobianLibSizes.R 761B
F_dNBabunds.R 754B
F_buildDesign.R 751B
F_dNBlibSizes.R 741B
F_heq_nb_jac.R 673B
F_correctXMissingness.R 662B
F_getDevMat.R 615B
F_NBjacobianColNP.R 542B
F_data.R 518B
F_arrayProd.R 515B
F_rowMultiply.R 454B
test-removeNA.R 400B
test-checkAlias.R 400B
F_getInflRow.R 373B
F_seq_k.R 363B
F_getInflCol.R 344B
F_getModelMat.R 341B
test-ArrayProd.R 281B
test-seq_k.R 222B
test-rowMultiply.R 175B
testthat.R 50B
.Rbuildignore 102B
plot.RCM.Rd 7KB
RCM_NB.Rd 7KB
RCM.Rd 3KB
plotRespFun.Rd 3KB
residualPlot.Rd 2KB
estNPresp.Rd 2KB
dLR_nb.Rd 2KB
LR_nb_Jac.Rd 2KB
filterConfounders.Rd 2KB
LR_nb.Rd 2KB
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可爱的小树懒
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