salmon-marine-survival

分层生命周期模型来估计大西洋鲑的海洋生存 该存储库包含使用Stan和TMB编写的模型，该模型使用返回的成年成年人和迁徙的软体动物的时间序列丰度数据来估算大西洋鲑的海洋生存能力，该模型的源代码以Stan和TMB编写（尽管Stan版本是最新的，并且使用的是Stan版本）以供发布）。 Stan模型在analysis/survival_hier_ncp.stan定义，并且是用于发布的模型。 TMB模型是在analysis/lc_model_hierarchical.cpp定义的，但尚未积极开发。 它留在这里作为参考。 该模型的非分层版本（即，生存是对单个种群的估计值）在analysis/lc_model.cpp定义。 到目前为止，我们有足够的数据来运行模型的河流是： 新罕布什尔州拉哈夫河 纳什瓦克河，新罕布什尔州（圣约翰河） 荷兰康奈河 荷兰坎贝尔顿河 荷兰西阿姆布鲁克 QC圣让河 特里