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用于转录因子结合位点识别的定位投影求精算法
用于转录因子结合位点识别的定位投影求精算法
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2021-03-10
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用于转录因子结合位点识别的定位投影求精算法
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基于HMM的转录因子结合位点识别方法研究
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不错的一篇HMM在生物信息学中的应用的文章
SigmoID:Xojopython工具,用于识别和注释细菌基因组中的转录因子结合位点
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SigmoID与细菌基因组中的转录因子结合位点(TFBS)有关:找到已知的,推断未知的位点并在基因组范围内查看它们。 这是一个用Xojo编写的GUI应用程序,并在python中添加了一些功能。 功能: 从头推断转录因子结合位点( v.2中的新增功能); 基于3D结构(DNA-蛋白质接触)的已知TFBS配置文件应用于新基因组( v.2中的new ); 使用序列徽标可视化结合位点比对; 对R
基于位置关联性打分方程的人类转录因子结合位点的预测* (2009年)
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转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究转录因子结合位点在上游调控区中的位置对转录调控的影响.然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得结果的特异性普遍较低,因此有必要提出一种新的有效的预测转录因子结合位点的算法.本文利用 JASPAR数据库上的数据,在深入分析转录因子结合位点生物学特征的基础上,构建了
数据融合matlab代码-pltfbsmotif:分段线性机器学习模型,用于基于基序的转录因子结合位点预测
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数据融合matlab代码pltbbsmotif 分段线性机器学习模型,用于基于基序的转录因子结合位点预测 该存储库包含用于分段线性数据融合模型的MATLAB代码,用于基于基元的转录因子结合位点预测。 该代码用于2010年发表的文章《全基因组范围内的组蛋白乙酰化数据》中的分析,可改善对哺乳动物转录因子结合位点的预测。 该项目中的MATLAB代码由Stephen Ramsey编写,除了六个贡献模块:
识别由PPAR创建的惩罚性转录因子结合位点的变化
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还发现位于PPARα/δ/γ基因中的单核苷酸多态性(SNP)先前已被发现与人类疾病或病症显着相关,从而改变了基因惩罚性转录因子结合位点(TFBS)。 发现PPARαSNP(rs1800206)的两个等位基因(C / G)产生7个普通和8个独特的惩罚性TFBS。 由次要G(0.02)等位基因产生的独特TFBS之一是与遗传性肺动脉高压相关的T-Box 4(TBX4)转录因子。 发现PPARδSNP(r
全基因组分析转录因子结合位点及其特征性DNA结构
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转录因子结合位点(TFBS)不仅在一级DNA序列中保守,而且在DNA结构中也保守。 但是,TF及其优选的DNA结构之间的全局关系仍有待阐明。 结果:在本文中,我们已经开发了一种计算方法来生成酿酒酵母中全基因组及其特有...
基于DNase-Seq信号的转录因子结合位点的识别方法
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转录因子结合位点预测子:使用加权位置矩阵和位置频率矩阵预测DNA序列中转录因子的结合位点
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一个不同的基序如何确定转录因子(TF)是否可以在特定位置结合DNA是一个关键的研究问题。 在这个项目中,我们应用自然语言处理(NLP)中使用的计算技术来预测给定基序实例的转录因子结合区(TFBR)。 现有的大多数...
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转录因子和组蛋白修饰的分布特征
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酵母基因上游转录因子结合位点分布的统计分析 (2008年)
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