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psf的matlab代码-fit3Dcspline:fit3Dcspline
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psf的matlab代码fit3Dcspline fit3Dcspline是基于GPU的3D单分子钳工,可用于任意的实验性点扩散函数(PSF)。 在消费类图形卡GTX 1070上,拟合速度达到了10 ^ 5 fit / s以上。拟合算法的实现基于最大似然估计,并采用Levenberg-Marquardt优化例程,该例程达到了理论上的最小不确定性。 包括EMCCD和sCMOS噪声模型。 该软件套件还包括一些工具,可用于对不同模态的基于珠子的实验PSF进行稳健建模,并校正深度感应像差。 要求 Matlab R2016a或更高版本 GPU装配工要求: Microsoft Windows 7或更高版本的64位 支持CUDA的图形卡,最低Compute Capability 3.0 兼容CUDA 8的图形驱动程序(用于GeForce产品378.66或更高版本) CPU版本在macOS和Microsoft Windows 7或更高版本的64位上运行 怎么跑 示例代码在文件example_3D_fit.m中可用。 演示代码所需的3D图像堆栈可在文件夹数据中找到。 接触 对此软件有任何疑问/意见,请联
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fit3Dcspline-master.zip (72个子文件)
fit3Dcspline-master
README.md 2KB
calibrate3Daberrations.m 8KB
calibrate3D.m 5KB
private
directFilter.m 11KB
images2beads_so.m 2KB
symExpFilt.m 1KB
getspline_so.m 3KB
stackas2z_so.m 2KB
interp3_0.m 9KB
getf0site_so.m 490B
evalBSpline.m 6KB
getzfitpar.m 1KB
bsarray.m 6KB
getgausscal_so.m 1KB
stackas2z2D_so.m 721B
contains.m 126B
segmentb_so.m 2KB
getstackcal_so.m 10KB
computeDelta3Dj_v2.m 2KB
fAt3Dj_v2.m 1KB
registerPSF3D_so.m 5KB
getf0Z_so.m 341B
getBSplineFiltCoeffs.m 15KB
calibrate3D_GUI.m 14KB
bfmatlab
bfOpen3DVolume.m 2KB
bfopen.m 8KB
private
is_octave.m 81B
bfsave.m 5KB
bfGetFileExtensions.m 2KB
bfGetPlane.m 4KB
bfUpgradeCheck.m 2KB
bfCheckJavaPath.m 4KB
createMinimalOMEXMLMetadata.m 4KB
bioformats_package.jar 27.32MB
bfCheckJavaMemory.m 2KB
bfGetReader.m 3KB
Supplementary_Figures.pdf 10.51MB
source
info.txt 153B
example_3D_fit.m 13KB
correct_3Daberrations.m 1KB
Manuscript_fit3D.pdf 9.91MB
sxsy2z.m 1KB
data
single_bead.tif 202KB
cme_2um_site_uncorrected_sml.csv 315KB
beadstacks_2D.zip 38.54MB
beads_in_gel_2.csv 13.45MB
beadstacks_3D_astig.zip 36.64MB
Licence.txt 2KB
shared
CPUmleFit_LM.mexmaci64 83KB
get2Dcorrshift.m 2KB
uigetdirs.m 5KB
myquantile.m 2KB
get3Dcorrshift.m 2KB
connectsingle2c.mexmaci64 9KB
GPUmleFit_LM.mexw64 974KB
maximumfind.c 3KB
cudart64_80.dll 357KB
connectsingle2c.mexw64 8KB
myprctile.m 4KB
copyfields.m 1KB
RegularizeData3D.m 39KB
maximumfind.mexmaci64 8KB
selectManyFiles.m 13KB
Spline3D_interp.m 993B
mleFit_LM.m 2KB
readfile_ome.m 273B
maximumfindcall.m 494B
robustMean.m 4KB
myxcorr.m 129B
maximumfind.mexw64 8KB
CPUmleFit_LM.mexw64 77KB
simSplinePSF.m 2KB
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