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psf的matlab代码-PlantClusterFinder:PlantClusterFinder
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2021-05-24
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psf的matlab代码PlantClusterFinder(1.3版) PlantClusterFinder(PCF)可检测测序基因组中的代谢基因簇。 它使用用户提供的基因定位文件(见下文)和使用Pathway Tools创建的PGDB以及其他信息(见下文)来识别位于染色体上的酶编码基因(代谢基因)。 最初,只允许连续延伸的代谢基因彼此直接相邻。 通过迭代地将中间(非代谢)基因大小增加一倍,可以缓解这种情况。 提供了几个选择集群的标准。 除此之外,可以通过一部分条件来防止形成簇。 可以在PMID:28228535中找到PCF(1.0版)的详细信息。 此版本(1.3)与先前版本(1.0和1.2)之间的主要区别是: 1) Physical breaks of the genome or sequencing gaps of unknown size are typically encoded by stretches of Ns in the genome assembly fasta file. Previously we inserted 20 hypothetical genes
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PlantClusterFinder-master.zip (59个子文件)
PlantClusterFinder-master
PlantClusterFinder.asv 235KB
Expected_results_for_csubellipsoidea
csubellipsoidea_Clust_v1_3.txt 41KB
csubellipsoidea_Gene_v1_3.txt 1.05MB
run_PlantClusterFinder.sh 886B
get_positions_of_gap.awk 3KB
PlantClusterFinder.m 235KB
Inputs
ReactionMetabolicDomainClassification.txt 630KB
SuperPathwayList.txt 2KB
PathwayMetabolicDomainClassification.txt 103KB
scaffold-tailoring-reactions-05082016.tab 20KB
LICENSE 34KB
requiredMCRProducts.txt 18B
get_new_line_in.awk 236B
._PlantClusterFinder.m 4KB
README.md 14KB
._README.md 4KB
csubellipsoidea
gtpf_CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.annotation_info.txt.txt 324KB
glof_CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.gene.gff3.txt 483KB
pgdb
csubellipsoideacyc
1.0
data
enzymes.col 506KB
pathways.dat 1.15MB
pubs.dat 892KB
rnas.dat 1KB
transunits.dat 956B
protligandcplxes.dat 1KB
regulation.dat 1KB
biopax-level3.owl 18.38MB
overview.graph 6.01MB
dnabindsites.dat 966B
pathways.col 74KB
reactions.dat 1.47MB
transporters.col 8KB
proteins.dat 295KB
enzrxns.dat 816KB
classes.dat 2.71MB
promoters.dat 935B
protein-features.dat 1KB
regulons.dat 2KB
genes.col 97KB
protcplxs.col 511B
biopax-level2.owl 31.04MB
genes.dat 410KB
compounds.dat 1.65MB
terminators.dat 894B
species.dat 6KB
default-version 3B
MCL_clustering_expected_results
dump.CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.protein.pcf13.mci.I20 680KB
Gapanalysis_expected_results
CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.hardmasked.fa_GAPOutput_count.txt 2KB
CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.hardmasked.fa_GAPOutput 215KB
CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.hardmasked.fa_temp4 46.69MB
CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.hardmasked.fa_temp1 47.62MB
CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.hardmasked.fa_temp3 46.69MB
CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.hardmasked.fa_temp2 47.62MB
CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.protein.pcf13.fa 4MB
CsubellipsoideaC_169_227_v2.0.hardmasked.fa 47.62MB
PlantClusterFinder 57.58MB
How_to_compile_new_version.txt 241B
mccExcludedFiles.log 2KB
readme.txt 4KB
enter_new_line_characters_in_fasta_file.awk 2KB
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