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harmonyos2-Episomizer:使用全基因组测序数据构建染色体外环状DNA
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2021-07-01
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和声2 Episomizer Episomizer 目前是一种使用 WGS 数据构建双分钟(又名附加体)的半自动化管道。 Episomizer 由两个主要组件组成: Bam 挖掘提取高度扩增基因组区域边界周围的读数,搜索软剪切读数、不一致读数和桥接读数的证据,这些证据支持任何两个片段边界之间的假定 SV(又名边缘)。 报告的假定边缘需要人工审核。 Composer 输入与片段边界相关的人工审查边缘以及高度扩增的基因组片段,将片段组合成简单的循环,作为环状 DNA 结构的候选者。 引文 Xu, K., Ding, L., Chang, TC., Shao, Y., Chiang, J., Mulder, H., Wang, S., Shaw, TI, Wen, J., Hover, L., McLeod , C., Wang, YD., Easton, J., Rusch, M., Dalton, J., Downing, JR, Ellison, DW, Zhang, J., Baker, SJ, Wu, G. 双重结构和演化分钟诊断和复发脑肿瘤。 Acta Neuropatholog
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Episomizer-master.zip (42个子文件)
Episomizer-master
testdata
intmd
trace
README.md 116B
reviewed_data
Reviewed_segments_for_graph_relapse_rawCNA.bed 749B
README.md 1006B
Reviewed_edges_for_graph_diagnosis_rawCNA.txt 2KB
Reviewed_segments_for_graph_diagnosis_rawCNA.bed 1KB
Reviewed_edges_for_graph_relapse_rawCNA.txt 919B
edges_review_diagnosis_rawCNA.xlsx 63KB
edges_review_relapse_rawCNA.xlsx 51KB
output
README.md 305B
double_minutes_relapse.txt 2KB
graph_relapse.sif 687B
input
README.md 1KB
mini_SJHGG019_E.bam 20.88MB
mini_SJHGG019_E.bam.bai 109KB
CNA_region_refined_D.bed 1KB
CNA_region_raw_R.bed 749B
CNA_region_raw_D.bed 1KB
mini_SJHGG019_S.bam 23.76MB
CNA_region_refined_R.bed 749B
mini_SJHGG019_S.bam.bai 109KB
.gitignore 485B
README.md 6KB
bin
episomizer 2KB
SV_discordant.pl 2KB
SV_softclip.pl 2KB
composer.py 5KB
SV_bridge.pl 3KB
load.sh 965B
softclip2fa.pl 908B
create_softclip2fa_cmd.pl 1KB
create_samtools_cmd.pl 1KB
create_blat_cmd.pl 1KB
matrix2edges.R 1KB
tests
test_circ.py 2KB
examples
README.md 5KB
LICENSE 11KB
requirements.txt 65B
lib
python
double_minute.py 4KB
cycle.py 4KB
util.py 627B
graph.py 4KB
path.py 3KB
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