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R软件代码转换为matlab-ratbrain:将大鼠大脑的SPECT扫描扭曲到大鼠MRI图谱空间的代码
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2021-05-21
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R软件代码转换为matlab 将大鼠SPECT扫描归一化为MRI图集 有关如何将SPECT扫描扭曲至MRI大鼠图谱的文档。 信息 每只动物都有一个SPECT和一个CT扫描。 这些扫描是对齐的。 SPECT扫描的体素尺寸为0.177 x 0.177 x 0.177毫米(来自dicom接头)。 我们希望将图像以NIFTI格式进行后续处理并变形为图集。 在此示例中,我们使用Schwarz地图集。 图像转换和裁剪 命名问题 文件的名称类似于“ Control_1033_Scan 1_SPECT”。 这里的问题是名称中有一个空格,这可能会在Linux系统上引起一些问题。 最简单的解决方案是用下划线替换空格。 find /image_dir/ -type f -name "* *" | rename 's/ /_/g' 资料组织 base |------- img |------ raw_data (Dicom files) |------ nii (Dicom files converted to nii format) |------ crop (Cropped image files) |-
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ratbrain-master.zip (26个子文件)
ratbrain-master
.gitignore 44B
analysis
doStats.R 302B
sig.txt 2KB
scaleAndDiff.R 1KB
diff_data_brain_scaled.csv 52KB
getData.R 1KB
readme.md 7KB
scripts
table_WHS_extra.csv 3KB
table_WHS.csv 86KB
globMean_for_stat.csv 818B
private
getExt.m 199B
writeNii.m 479B
read_atlas_labels.m 613B
readNii.m 520B
convert.sh 2KB
collect_images.sh 409B
split_whs_atlas.m 3KB
crop_and_scale.sh 1KB
mean_val.csv 2KB
get_table.m 3KB
warp.sh 2KB
collect_mean.sh 853B
table.csv 41KB
crop.sh 1KB
resample_whs_atlas.sh 848B
coord.csv 1KB
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