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matlab中存档算法代码-ORnetwork:嗅觉受体(OR)与增味剂之间的成对相互作用网络以及相关分析
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2021-05-23
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matlab中存档算法代码或网络 在人类嗅觉受体代码中发现了模块化结构,以气味剂和嗅觉受体(OR)的相互作用网络为代表。 该存储库包含: Matlab实现中涉及模块化结构发现的分组算法。 气味剂和受体之间成对相互作用网络的数据,准备在Cytoscape中导入。 该代码和数据旨在与手稿一起审阅。 稍后将添加参考文件的链接。 在此期间的查询,请发送电子邮件至Ji Hyun Bak()。 安装 您可以执行以下任一操作来获取此存储库的内容。 这是一个轻巧的包装; 在正常的互联网条件下,下载应该很快。 下载:单击以下载压缩的存档 克隆:通过在命令行中键入以下内容来克隆存储库: git clone https://github.com/jihyunbak/ORnetwork.git 系统要求: Matlab代码是在Matlab R2016b(在Mac OS X 10.12-10.14上)中编写和测试的,不需要任何其他工具箱。 Matlab软件包仅需要一台标准计算机,并具有足够的RAM来支持数据矩阵和中间变量(不大)的处理。 使用标准软件包numpy(1.16.1版),scipy(0.19.1),p
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ORnetwork-master.zip (29个子文件)
ORnetwork-master
Code_Py
aux.py 8KB
__init__.py 0B
bim.py 4KB
labeling.py 8KB
demo_labeling.py 11KB
LICENSE 1KB
Code
grouping
renumberGroupsBySize.m 830B
primaryOdorantGrouping_h1.m 2KB
secondaryReceptorGrouping_g2.m 2KB
getInterGroupOverlap.m 1KB
primaryReceptorGrouping_g1.m 1KB
secondaryOdorantGrouping_h2.m 423B
rankBy.m 742B
plotMultiLevelTree
demo_plotMultiLevelTree.m 666B
plotMultiLevelTree.m 5KB
Data
database
odorants_with_descriptors.csv 555KB
descriptor_basis.tsv 8KB
descriptor_proxy_category_map.csv 5KB
ORnet_node_table.csv 11KB
odorants_corr.csv 5KB
odorants_with_descriptor_indices.csv 242KB
ORnet_edge_table.csv 37KB
cytoscape
ORnet.cys 69KB
ORnet.cyjs 401KB
styles-ORnet-custom.xml 12KB
readme.md 1KB
.gitignore 253B
demo_grouping.m 7KB
readme.md 3KB
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