母机数据的切分与分析：SAM:Code for analysis of Mother machine data-matlab开发

在受控环境中对微通道中生长的细菌进行延时成像很有帮助研究细菌生长的单细胞动力学。 这些微流体生长室被称为母机。 在这种实验中，细菌生长可以研究多代高分辨率和时间精度。 但是和其他任何实验一样，母机数据显示相当可观强度波动、细胞侵入、细胞重叠、成丝等产生的大量数据在此类实验中，很难手动分析和校正此类不需要的像差。 我们有开发了模块化代码SAM，用于检测此类像差并正确处理，无需人工监督。 我们跟踪累积单元格大小并使用自适应分割方法来避免错误检测细胞分裂。 SAM 目前是使用 MATLAB 编写和编译的。 它很快（大约 15 分钟/GB 的图像）并且可以有效地与shell脚本结合使用以处理大量数据。 它已经过许多不同的测试实验数据并在 Github 上公开提供。