自由能计算

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自由能计算

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: vasp计算自由能脚本从vasp的计算输出文件计算热力学函数 This script will calculate the zero point-corrected energy (ZPE) and Gibbs free energy change from 0 K to certain temperature (G(T)-G(0)) using vibrational data。
评级：5 浏览量：2396 收藏量：6 资源大小：3KB 上传时间：2018-05-28

: ProtoCaller:GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能的全自动计算 ProtoCaller是一个Python库，可实现GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能计算的受控自动化。 ProtoCaller使用多种工具来自动化自由能计算过程，例如：Biopython，BioSimSpace，CHARMM-GUI，（可选）Modeller，Open ...
评级：4 浏览量：936 收藏量：1 资源大小：852KB 上传时间：2021-05-01

: BAT.py:结合亲和力工具（BAT.py）是一种全自动工具，用于在蛋白质-配体系统上进行绝对结合自由能计算 在存在约束的情况下，BAT.py可以通过两条炼金术路线执行结合自由能计算，可以采用双解耦（DD）程序，也可以采用同时解耦再耦合（SDR）方法。它还可以通过APR方法应用物理路线，适用于可自由接触溶剂的配体。该...
评级：0 浏览量：221 收藏量：0 资源大小：1.18MB 上传时间：2021-05-04

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评级：0 浏览量：64 收藏量：1 资源大小：2.5MB 上传时间：2023-04-15

: 烷烃小分子溶剂化自由能的快速计算 (2010年) 将ABEEMσπ浮动电荷模型与generalizedBorn(GB)模型相结合,计算分子的溶剂化自由能。GB模型是一种连续介质模型,计算快速而简单,但是这种模型的计算精度却尚待提高。由于ABEEMσπ浮动电荷模型将分子的电荷区域进行了...
评级：0 浏览量：104 收藏量：0 资源大小：815KB 上传时间：2021-04-23

: 用最小自由能法计算液液分层体系的相平衡 (1986年) 从热力学第二定律出发，提出用体系的总自由能直接极小化的方法，计算液液分层体系的相平衡，可以克服前人所使用的类似汽液平衡闪蒸计算方法所遇到的困难。木文采用修正ＵＮＩＱＵＡＣ模型来计算液相活度系数。在求解...
评级：0 浏览量：104 收藏量：0 资源大小：7.61MB 上传时间：2021-05-24

: 接触角与表面自由能的研究现状与展望回顾了接触角及表面自由能理论的发展历程,分析了接触角及表面自由能方法研究的现状,详细介绍了接触角常用的测量方法以及表面自由能计算的方法,并阐述了各种测量和计算方法的特点。认为接触角测量方法和表面自由能...
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: freeEnergy:对齐和自由能量计算 自由能 对齐和自由能量计算
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: caesar:计算周期晶体振动自由能的工具 caesar:计算周期晶体振动自由能的工具
评级：0 浏览量：103 收藏量：0 资源大小：838KB 上传时间：2021-03-16

: 用相对Gibbs自由能方法计算羧酸的pKa值 (2011年) 运用密度泛函方法以及...在本文pKa值的计算中，用羧酸在水溶液中的电离反应直接计算羧酸电离Gibbs自由能，并用相对Gibbs自由能来计算羧酸的pKa值。结果表明，计算值能很好地与实验值吻合，其标准偏差为±0.36pKa单位。
评级：0 浏览量：65 收藏量：0 资源大小：493KB 上传时间：2021-05-13

: BFEE2:约束自由能估计器2 结合自由能估算器2 结合自由能估算器（BFEE）是基于python的软件，可通过分子动力学模拟通过炼金术或几何学途径自动进行绝对结合自由能计算。理论背景蛋白质-配体（或宿主-客体）系统的自由度由一系列几何变量（或...
评级：0 浏览量：194 收藏量：0 资源大小：599KB 上传时间：2021-04-09

: 基于自由能的方法来计算代谢潜力matlab代码.zip 1.版本：matlab2014/2019a/2021a 2.附赠案例数据可直接运行matlab程序。 3.代码特点：参数化编程、参数可方便更改、代码编程思路清晰、注释明细。 4.适用对象：计算机，电子信息工程、数学等专业的大学生课程...
评级：0 浏览量：0 收藏量：0 资源大小：10.85MB 上传时间：2024-04-26

: Al2O3涂层反应标准自由能变化的计算及其绘图 Al2O3涂层反应标准自由能变化的计算及其绘图，刘沙，张静秋，本文以化学气相沉积法制备Al2O3涂层的反应为实例，建立了Al2O3涂层反应的标准自由能变化的计算模型，应用所开发的计算和绘图程序，�
评级：0 浏览量：147 收藏量：0 资源大小：207KB 上传时间：2020-01-09

: 全息自由能和热力学几何我们获得了2 + 1维全息超导体的自由能和热力学几何... 然后根据边界理论的自由能计算热力学几何形状。通过热力学标量曲率的发散，再次获得临界温度。然后，我们将该临界温度的结果与通过匹配方法获得的结果进行比较。
评级：0 浏览量：189 收藏量：0 资源大小：358KB 上传时间：2020-04-08

: 基于吉布斯最小自由能的煤热解特性研究基于吉布斯最小自由能的煤热解特性研究，刘姣姣，宋一鸣，利用FactSage计算软件，基于吉布斯最小自由能理论，对准东煤不同热解温度条件下气相产物氢气、一氧化碳和甲烷的反应特性进行分析。�
评级：0 浏览量：287 收藏量：0 资源大小：810KB 上传时间：2019-12-26

: 用离散-连续模型计算NH-2，NH3和NH+的溶剂化自由能 (2004年) 通过理论计算推测NH-，NH3和NH+在水溶液第一溶剂化层中与之直接作用的水分子分别为2，4和4个，并采用离散-连续模型计算了NH-，NH3和NH+在水溶液中的溶剂化自由能。结果表明，由于离散-连续模型在从头算水平考虑了...
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评级：0 浏览量：45 收藏量：0 资源大小：5.48MB 上传时间：2022-05-24

: GoodVibes:通过温度和其他校正计算高斯输出文件中的准谐波自由能 GoodVibes是一个Python程序，用于从一个或一系列电子结构计算中计算热化学数据。自2015年以来，它已被多个小组使用，主要是通过对刚性转子谐波振荡器的处理来纠正对低频振动的不良描述。当前版本包括可变温度/浓度...
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: 基于茎区的自由能算法预测RNA二级结构 <SPAN xss=removed></SPAN>
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: Gecko Hamaker:计算Hamaker系数，相互作用自由能，力，扭矩。-开源 Gecko Hamaker开源软件项目完全实现了全延迟Lifshitz公式，用于各向同性和各向异性平面-平面和圆柱-圆柱体相互作用以及中间层材料，多达99层的平面系统以及用于建模的渐变界面晶界或其他连续变化的系统，并附有材料...
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: 周期背景下有限温度量子场论的自由能和熵周期电势中非相互作用标量场的基本热力学量，该电势由Dirac $$ \ delta-\ delta ^ \ prime $$δ-δ'函数的一维链或具有扩展紧致支撑的特定电势组成 ... 我们为上述示例计算自由能和熵，并归纳了关于负熵的早期结果。
评级：0 浏览量：137 收藏量：0 资源大小：1.84MB 上传时间：2020-04-17

: 手性Sigma模型的有限体积质量差和自由能 摘要我们使用维数正则化方法，在有效标量场理论中将存在化学势和守恒电荷的情况下的自由能计算为常规尺度上不对称体积的三阶有效量。我们还计算了具有周期性边界条件的有限框中的质量间隙。通过使用无质量夸克模拟...
评级：0 浏览量：54 收藏量：0 资源大小：283KB 上传时间：2020-03-25

: ERmod:近似溶剂化自由能计算器-开源 ERmod（能量表示模块）是基于能量表示方法（J. Chem。... 该程序允许用户计算对任意溶剂（包括不均匀系统）的溶剂化自由能，并且可以与最新的分子模拟软件（例如NAMD，GROMACS和/或AMBER）协同运行。
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: VASP计算As分子的零点振动频率，零点振动能计算As分子的零点振动频率，零点振动能
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: 表面自由能模型的改进及液滴浸润数值研究 (2012年) 通过优化极值点位置，对表面...数值计算结果与理论分析结果吻合较好，从结果中可以明显观察到固液浸润过程的3个发展阶段，浸润速度随时间递减且与浸润接触角成反比．研究结果验证了MPS方法结合改进后的表面自由能模型
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: SnF2标准生成Gibbs自由能的测定 (2004年) 采用LaF3单晶(掺杂)作为固体电解质,在多次抽空充氩气的操作箱内,将Pb, Sn磨细过筛,按照4∶1的比例分别将Pb, PbF2, Sn, SnF2混合...以两种PbF2标准生成Gibbs自由能数据和电池电动势为基础，计算得到SnF2标准生成自由能同
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: 配体解离动力学及自由能加权集合标定 WEM-RR计算得到的配体停留时间和束缚自由能与实验和以前的计算结果一致。此外，利用这一里程碑式的框架，还可以以较低的计算成本计算出绑定时间和速率常数、解离常数和提交器prob 能力。我们还提出了一种分析方法来...
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: 贵州牛蹄塘组页岩气表面自由能研究为了研究页岩对气体的吸附机理,在50℃、60℃、80℃3个温度点对贵州凤参1井和天马1井的页岩样品进行等温吸附实验,并绘制出了CH4和CO2等温吸附曲线图,计算得到页岩表面自由能,从自由能角度分析页岩对CH4和CO2气体的...
评级：0 浏览量：74 收藏量：0 资源大小：525KB 上传时间：2020-05-12

: 计算金属-Si-C体系相稳定图的新方法 (2006年) 阐明在相平衡条件下由化合物的Gibbs生成自由能计算活度的原理。通过将相稳定图分解为4种拓扑结构并使用相标号的方法,得到适用于三元系中存在线性化合物的相稳定图的算法,并利用Matlab语言编写相稳定图的计算和绘图...
评级：0 浏览量：41 收藏量：0 资源大小：3.32MB 上传时间：2021-06-11

: RareAWH:加速权重直方图方法计算结构可靠性模型中的罕见故障事件 RareAWH:加速权重直方图方法计算结构可靠性模型中的罕见故障事件
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: vasp scf script (vasp自洽计算脚本) 脚本可以自动修改vasp的INCAR文件内容为scf计算参数并自动提交任务
评级：5 浏览量：2053 收藏量：2 资源大小：298B 上传时间：2018-10-08

: AdS 5×S 5中无张力IIB型弦的单环自由能 借助最新开发的zeta函数字符积分表示法（CIRZ），这又可以在AdS 5×S 5背景下计算无张力IIB型弦理论的单环自由能。我们首先计算第（p − 1）个Regge轨迹中弦状态的单环自由能，然后发现结果是p乘以单个N = 4 $$ \ ...
评级：0 浏览量：69 收藏量：0 资源大小：358KB 上传时间：2020-03-24

: 基于van der Waals状态方程的剩余自由能模型 (2003年) 结合Wong-Sandler的混合规则，即在无穷大压力下剩余Helmholtz自由能与无穷小剩余Gibbs自由能近似相等的关系，给出了一个基于van der WaaIs状态方程的剩余自由能模型，由此得到可以描述汽液相平衡的活度系数模型。...
评级：0 浏览量：47 收藏量：0 资源大小：193KB 上传时间：2021-06-14

: 不同水基防腐剂处理木材的表面自由能 (2006年) 该研究中测定了蒸馏水、二碘甲烷、甲酰胺和甘油等4种参照液体在不同水基防腐处理（包括铬化砷酸铜ccA以及另外两种商品名为Nw和Ns的处理）后的木材表面所形成的接触角，并根据酸碱作用理论计算得到其表面自由能及其两...
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: AdS / CFT在热介质中的重夸克-反夸克对的自由能 我们指出，用于计算该量的常用处方导致温度依赖性与自由能的一般性质冲突。该问题源于消除差异的特定方法。我们认为，常用处方会产生结合能，而不是自由能。我们考虑了不同的减法程序，并证明了所产生的自由能...
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: 帘线钢夹杂物成分控制的最小自由能变化模型 (2009年) 应用共存理论和规划理论,以夹杂物与钢水化学反应自由能变化值最小化为目标,建立了夹杂物成分与结晶器钢水成分之间关系的数学模型。经验证,在夹杂物为液态的情况下,模型计算结果与实测结果相符合。利用模型计算了[ Ca...
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: 4_表面能_表面_lammps_lammps实例_ 铜和镁表面能计算的lammps代码和实例
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: 超磁致伸缩执行器的自由能磁滞模型的优化算法研究 (2005年) 介绍了超磁滞伸缩执行器的自由能磁滞模型，对该自由能磁滞模型的数值计算进行了具体分析，由此提出了该自由能磁滞模型的四种数值实现方法；比较了四种数值实现方法的计算精度和计算效率，并与已有文献的实验结果和...
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: 5d SCFT的IIB超重力对偶中的纠缠熵与自由能 我们研究IIB型超重力作用下5d SCFT的最近构造的全息对偶中的... 全息超重力计算对于这两个量都给出了明确的结果，它们满足了预期的关系。这支持将解决方案解释为5d SCFT的全息对偶，并首次定量说明了双SCFT的性质。
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: 非简谐振子自由能的微扰展开* (1998年) 推导出正则系统的特性函数--自由能，分别在经典情况及量子情况下的微扰表达式。并对非简谐振子自由能的微扰展开进行具体计算。
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: 超磁致伸缩执行器的自由能磁滞模型的数值实现 (2005年) 阐述了超磁滞伸缩执行器的自由能磁滞模型，着重分析了谊自由能磁滞模型特点，巧妙提出了能高效实现此自由能磁滞模型的数值实现方法，使其用于超磁致伸缩执行器的实时控制系统成为可能。通过与已有文献的计算数据和...
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: Sachdev-Ye-Kitaev模型的矩和自由能的大N展开以及交点图的枚举在本文中，我们解释了具有随机q体相互作用的N马约... 力矩的1 / N 3校正，对自由能的高温膨胀的β8系数（对于偶数q）进行校正，这是以前没有计算出来的。还讨论了奇数q的结果，其中SYK“哈密顿”是超对称理论的增压。
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: l-曲线matlab代码-uci-dcb-ultCfe:超敏性和构象自由能的信息所有脚本和函数都有注释，以显示其功能以及如何执行计算。％================================================== ====如何运行：％========================================== ============ 将需要下载/克隆/拉动...
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