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呼叫者 关于 ProtoCaller是一个Python库,可实现GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能计算的受控自动化。 ProtoCaller使用多种工具来自动化自由能计算过程,例如:Biopython,BioSimSpace,CHARMM-GUI,(可选)Modeller,Open Babel,ParmEd,PDB2PQR,pdbfixer,RDKit。 ProtoCaller可以在Linux和macOS上运行。 安装简便,可通过Conda执行。 请检查其他部分以获取更多信息。 安装 该程序包通过Conda分发。 要安装它,请运行以下命令: conda install -c conda-forge -c omnia -c michellab -c essexlab protocaller 可以使用以下命令安装开发版本(请谨慎使用): conda install -c con
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ProtoCaller:GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能的全自动计算 (173个子文件)
3ZG0.fasta 1KB
FMN.frcfld 32KB
FAD.frcfld 27KB
HEME.frcmod 4KB
HEM.frcmod 3KB
ATP.frcmod 2KB
GTP.frcmod 2KB
ADP.frcmod 2KB
GDP.frcmod 2KB
NAD.frcmod 1KB
NAP.frcmod 1KB
NDP.frcmod 1KB
NAI.frcmod 1KB
.gitignore 708B
HEM.in 7KB
HEME.in 5KB
FAD.lib 12KB
LICENSE 34KB
EZ_ref3.mol2 4KB
EZ_ref4.mol2 4KB
EZ_mol4.mol2 4KB
EZ_mol1.mol2 4KB
EZ_mol3.mol2 4KB
EZ_ref1.mol2 4KB
EZ_mol7.mol2 3KB
EZ_ref7.mol2 3KB
EZ_mol2.mol2 3KB
EZ_ref2.mol2 3KB
EZ_ref6.mol2 3KB
EZ_ref5.mol2 2KB
EZ_mol6.mol2 2KB
EZ_mol5.mol2 2KB
Align_mol1.mol2 2KB
Align_ref1.mol2 1KB
FMN.off 7KB
3ZG0.pdb 1.73MB
1bji.pdb 337KB
protein.pdb 289KB
NDP.prep 13KB
NAP.prep 13KB
NAI.prep 6KB
NAD.prep 6KB
GTP.prep 4KB
ATP.prep 4KB
GDP.prep 3KB
ADP.prep 3KB
rdkitwrapper.py 63KB
Protein.py 31KB
__init__.py 23KB
__init__.py 18KB
__init__.py 15KB
__init__.py 13KB
__init__.py 12KB
biosimspacewrapper.py 10KB
Perturbation.py 10KB
charmmguiwrapper.py 9KB
amber.py 9KB
modellerwrapper.py 9KB
Ligand.py 8KB
__init__.py 8KB
conf.py 6KB
__init__.py 6KB
pdbfixerwrapper.py 6KB
test_rdkitwrapper.py 6KB
Chain.py 5KB
pdbconnect.py 5KB
parmedwrapper.py 5KB
__init__.py 4KB
DHFR.py 4KB
Residue.py 4KB
Atom.py 4KB
Missing.py 4KB
fileio.py 4KB
pdb2pqrwrapper.py 3KB
test_pdb.py 3KB
run.py 3KB
FXA.py 2KB
Sialyltransferase_1.py 2KB
stdio.py 2KB
ConditionalList.py 2KB
Relative_Solvation.py 2KB
test_PDB2PQRwrapper.py 2KB
GROMACS.py 2KB
test_Perturbation.py 2KB
Absolute_Solvation.py 2KB
Sialyltransferase_2.py 1KB
T4-lysozyme.py 1KB
test_Protein.py 1KB
babelwrapper.py 1KB
runexternal.py 1KB
test_modellerwrapper.py 1KB
NAMD.py 1KB
test_pdbfixerwrapper.py 1KB
test_charmmguiwrapper.py 1KB
_Helper_Mixin.py 1KB
PerturbationList.py 839B
test_fileio.py 755B
test_pdbconnect.py 348B
__init__.py 306B
__init__.py 121B
共 173 条
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资源评论
- tienan04122024-02-02请问,这个东西要怎么使用呢?
鈤TiAmo
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