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基因家族分析套路.docx
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基因家族分析套路(一)
近年来,测序价格的下降,导致越来越多的基因组完成了测序,在数据库中
形成了大量的可用资源。如何利用这些资源呢?今天小编带你认识一下不测序也
能发文章的思路--全基因组基因家族成员鉴定与分析(现在这一领域可是很热
奥);
一、基本分析内容
数据库检索与成员鉴定
进化树构建
保守 domain 和 motif 分析.
基因结构分析.
转录组或荧光定量表达分析.
二、数据库检索与成员鉴定
1、数据库检索
1)首先了解数据库用法,学会下载你要分析物种的基因组相关数据。一般也就
是下面这些数据库了
Brachypodiumdb:http://www.brachypodium.org/
TAIR:http://www.arabidopsis.org/
Rice Genome Annotation Project :http://rice.plantbiology.msu.edu/.
NCBI 基因组数据库:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/?term=
2)已鉴定的家族成员获取。
如何获得其他物种已发表某个基因家族的所有成员呢,最简单的就是下载
该物种蛋白序列文件(可以从上述数据库中下载),然后按照文章中的 ID,找
到对应成员。对于没有全基因组鉴定的,可以下列数据库中找:
b. EBI: http://www.ebi.ac.uk/.
formatdb–i db.fas–p F/T;
-b:output two different members in subject sequences (db).
Hmmer (hidden Markov Model) search. Thesame as PSI-BLAST in function. It h
as a higher sensitivity, but the speed islower.
hmmbuild--informatafaknown.hmmalignknown.fa;
hmmsearchknown.hmmdb.fas>align.out.
Cover region: 也要超过 50%或者蛋白结构域的长度.
domain: 必须要有完整的该蛋白家族的。工具
pfamdb (http://pfam.sanger.ac.uk/) 和
NCBI Batch CD- search. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.
cgi).
4、通过上述操作获得某家族的所有成员
本次主要讲解在基因家族分析类文章中,进化部分分析的内容。主要是进化树的
构建与分析。
一、构建进化树的基本步骤
2、Model 选择. 分别针对蛋白序列和核酸序列的模型选择程序。
ProtTest program for protein and ModelTest or Jmodetlest for DNA(htt
p://user.qzone.qq.com/58001704/blog).
择。 MEGA (bootstrap least 1000 replicates), phyML and Mrbayes (http:/
/user.qzone.qq.com/58001704/main).
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