Progenesis_QI_quick_start 快速入门.pdf

Progenesis QI是一款由Waters Corporation推出的生物信息学软件，主要应用于代谢组学和蛋白质组学领域，用于处理和分析质谱数据。它的设计目标是通过自动化流程来简化质谱数据的解释过程，从而减少用户在数据分析时的手动操作，提高工作效率和结果的准确性。 标题中提到的“快速入门”表明这是一份为初学者准备的指南，旨在帮助用户尽快掌握Progenesis QI软件的基本使用方法和数据分析流程。文档描述了软件中涉及的核心操作，包括峰对齐、峰提取、峰鉴定以及数据的归一化处理，这些都是质谱数据分析中的关键步骤。此外，文档还涉及了主成分分析（PCA）和正交偏最小二乘法辨别分析（PLS-DA）等高级统计分析方法。 在标签中提到的“progenesis QI”说明这是针对Progenesis QI软件的指南文档，意味着文档中的内容专门适用于该软件。 根据文档内容，以下是Progenesis QI软件的一些关键知识点： 1. 数据采集模式建议：文档强调了使用特定的数据采集模式，如MSE、HDMSE、DDA、HDDA、IDA和ddms，这些模式能为后续的数据分析提供更丰富的数据集。 2. 数据文件格式和输入：在开始建立试验时，用户需要选择输入的数据文件格式，包括轮廓质谱图和棒状质谱图。文档建议优先使用轮廓质谱数据，并输入Lockmass值进行数据校正，以确保数据质量。 3. 加合离子的选择：加合离子的选择会影响质谱数据的库匹配结果。合理地选择加合离子可以减少假阳性，提高数据鉴定率。文档建议，当存在多个加合离子时，一个标记物（Marker）对应一个中性分子量质量，而当只有一个m/z值时，则一个标记物可以对应多个中性分子质量。 4. 导入数据文件：用户需要选择合适的数据来源和数据文件夹，然后导入数据文件。导入过程可以通过按Shift或Ctrl键来选择多个文件，或者使用Browse按钮选择文件夹路径。 5. Lockmass值的使用：在处理轮廓质谱图数据时，需要输入Lockmass值。Lockmass是一种用于校正质量偏差的技术，它能够提高质谱数据的质量和重复性。 6. 数据备份：文档建议用户在处理数据前进行备份，以便数据转移和恢复。 7. 版本信息：文档中提到了Progenesis QI和Ezinfo的版本号，这表明用户需要关注软件的版本更新，以利用最新的功能和技术改进。 文档还提到了与仪器供应商相关的一些技术细节，如m/z定义，这涉及到质谱数据中质量/电荷比的计算方式。Progenesis QI默认计算电子的得失，这在数据库匹配过程中显得尤为重要。 总结来说，Progenesis QI软件是用于处理质谱数据的高级工具，它通过自动化流程简化了数据处理和分析的复杂性，提供了从峰对齐、提取、鉴定到高级统计分析的全面解决方案。本快速入门指南着重于指导用户如何在软件中实现这一系列操作，以期帮助用户更高效、准确地完成数据分析工作。