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mzRAPP:用于组学peprocessing可靠性评估的工具
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2021-03-04
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mzRAPP mzRAPP的目标是允许在液相色谱高分辨率质谱(LC-HRMS)领域对非目标数据预处理(NPP)进行可靠性评估。 mzRAPPs方法基于将非目标代谢组学与非目标代谢组学合并的日益普及,这意味着两种类型的数据评估通常都在同一数据集上进行。 遵循此假设,mzRAPP可以利用用户提供的有关具有已知保留行为的一组分子(最多> 50)的信息。 mzRAPP直接从mzML文件中提取并验证为那些目标分子的所有(enviPat预测的)同位素异构体提供边界的色谱峰。 所得的基准数据集用于为在同一mzML文件上执行的NPP提取不同的性能指标。 这段少于3分钟的提供了mzRAPP功能的概述,该以前是在Metabolomics2020会议上录制的。 安装 首先,安装最新版本的 和 (仅对于生成报告是必需的,而不是使用mzRAPP)。 对于Rtools,请确保您还遵循网页上描述的后续说明。 之
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mzRAPP:用于组学peprocessing可靠性评估的工具 (149个子文件)
DESCRIPTION 1KB
.gitignore 82B
.gitignore 43B
.gitignore 24B
.gitignore 11B
mzRAPP_0.2.0.tar.gz 1.72MB
README.html 1.17MB
Vignette_mzRAPP_Example_workflow.html 19KB
LICENSE 34KB
README.log 25KB
README.md 34KB
NAMESPACE 3KB
Matching.png 381KB
Alignment_error_graphic.png 349KB
Peak_subsets.PNG 43KB
Missing_value_graphic.PNG 35KB
IR_tolerance.PNG 12KB
README-pressure-1.png 3KB
callmzRAPP.R 75KB
comp_peak_compare.R 33KB
LazyPeakIntegration_peaks.R 33KB
comp_generate_results_text.R 17KB
plot_Peak.R 15KB
sunburst_plots.R 11KB
GenerateMassTraceList.R 11KB
Get_peak_vars.R 11KB
getEICfromROI_par.R 10KB
plot_comp_scatter_plot.R 8KB
comp_generate_options.R 7KB
comp_import_openms.R 7KB
plot_comp_dist_of_found_peaks.R 7KB
comp_import_mzMine.R 7KB
detect_double_peaks.R 6KB
comp_pick_main_feature.R 5KB
comp_import_xcms.R 5KB
comp_import_msdial.R 5KB
comp_funktionen_fuer_alignment.R 5KB
globals.R 5KB
Skyline_functions.R 4KB
cutout_peak.R 4KB
plot_bench_histo.R 4KB
comp_import_benchmark.R 4KB
plot_comp_iso_pred_error.R 4KB
comp_import_elmaven.R 4KB
Get_MZ_list.R 3KB
comp_pick_main_peak.R 3KB
plot_comp_missing_value_hm.R 3KB
GetFWXM.R 3KB
alignment_error_plot.R 3KB
comp_feature_compare.R 3KB
Limit_Target_list.R 3KB
comp_find_r_s_error.R 2KB
predict_Iso.R 2KB
comp_find_best_feature_feature.R 2KB
comp_pick_algo.R 2KB
plot_bench_overview.R 2KB
comp_import_compd.R 2KB
comp_functions.R 2KB
get_EIC_table.R 2KB
clean_peak_assignments.R 1KB
Helper_functions.R 1KB
comp_classify_false_negative.R 1KB
get_pot_peak_ranges.R 1KB
comp_count_max_error.R 1KB
plot_bench_peak_overview.R 748B
plot_comp_peak_overview.R 717B
assemble_peaks.R 709B
GetSharpness.R 664B
GetZigzagIDX.R 576B
.Rbuildignore 70B
find_bench_peaks.Rd 8KB
compare_peaks.Rd 7KB
derive_performance_metrics.Rd 4KB
get_mz_table.Rd 2KB
get_ROIs.Rd 1KB
check_benchmark_input.Rd 1KB
predict_Iso.Rd 922B
check_nonTargeted_input.Rd 877B
plot_comp_scatter_plot.Rd 798B
plot_sunburst_peakQuality.Rd 788B
GetFWXM.Rd 781B
SkylinePeakBoundaries.Rd 767B
plot_sunburst_peaks.Rd 751B
plot_bench_histo.Rd 741B
plot_comp_dist_of_found_peaks.Rd 713B
cutout_peaks.Rd 709B
SkylineTransitionList.Rd 657B
plot_sunburst_alignment.Rd 652B
plot_bench_overview.Rd 650B
plot_comp_missing_value_hm.Rd 650B
plot_comp_iso_pred_error.Rd 648B
Get_peak_vars.Rd 556B
rename_columns_from_options.Rd 547B
plot_bench_peak_overview.Rd 522B
plot_comp_peak_overview.Rd 511B
Limit_Target_list.Rd 509B
plot_Peak_per_mol.Rd 503B
GetZigzagIDX.Rd 502B
detect_double_peaks2.Rd 488B
GetSharpness.Rd 471B
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pangchenghe
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