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pypreprocess:用于神经成像的预处理脚本
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2021-05-15
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pypreprocess pypreprocess是用于预处理fMRI数据(运动校正,空间归一化,平滑等)的python脚本的集合。 它提供: 使用基于文本的简单配置文件运行处理管道的可能性,从而无需编程即可分析数据; 自动生成html报告,例如用于质量保证(例如空间注册检查),统计结果等; 在多核计算机上并行处理多个主题; 中间阶段的持久性:如果分析中断,缓存的中间文件将被重用以加快处理速度; 支持预编译的SPM(除了通常的matlab依赖的风味之外)。 pypreprocess依靠nipype的SPM接口(预编译的SPM和依赖于Matlab的SPM风格)。 它还具有纯Python(无C扩展,无编译代码,仅Python)模块和脚本,用于切片时间校正,运动校正,核心定位和平滑,而无需nipype或matlab。 它是在Linux环境中开发的,并已在Ubuntu 16和18中进
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pypreprocess-master.zip (98个子文件)
pypreprocess-master
setup.py 4KB
.gitignore 150B
continuous_integration
install.sh 3KB
install_spm12.sh 2KB
setup_spm.sh 164B
install_spm.sh 1KB
clean_output.sh 976B
Makefile 920B
.travis.yml 2KB
setup.cfg 441B
examples
easy_start
nipype_preproc_spm_auditory.py 3KB
nipype_preproc_spm_haxby.py 2KB
spm_auditory_preproc.ini 5KB
segmentation_demos.py 1KB
pure_python
pure_python_preproc_demo.py 585B
coreg_demos.py 2KB
realign_demos.py 5KB
slice_timing_demos.py 13KB
pipelining
openfmri_preproc.py 3KB
multimodal_faces_preproc.ini 5KB
nipype_preproc_spm_multimodal_faces.py 4KB
nistats_glm_fsl_feeds_fmri.py 4KB
README.md 41B
scripts
HCP_tfMRI_MOTOR_preproc.ini 5KB
HCP.ini 5KB
hcp_preproc_and_analysis.py 21KB
abide_preproc.py 6KB
README.rst 11KB
.circleci
config.yml 3KB
pypreprocess
histograms.py 11KB
time_diff.py 10KB
external
__init__.py 0B
nistats
__init__.py 0B
utils.py 5KB
experimental_paradigm.py 2KB
hemodynamic_models.py 16KB
design_matrix.py 14KB
regression.py 10KB
model.py 12KB
glm.py 23KB
tempita
_tempita.py 39KB
__init__.py 152B
_looper.py 4KB
compat3.py 903B
__init__.py 74B
datasets.py 11KB
reslice.py 6KB
configure_spm.py 24KB
fsl_to_nistats.py 9KB
coreg.py 14KB
affine_transformations.py 11KB
realign.py 26KB
reporting
__init__.py 40B
pypreproc_reporter.py 37KB
README.md 144B
template_reports
log_sub_template.html 42B
log_template.html 6B
report_template.html 659B
log_link_template.html 35B
report_sub_template.html 137B
check_preprocessing.py 7KB
conf_parser.py 17KB
tests
test_configure_spm.py 12KB
test_conf_parser.py 7KB
test_subject_data.py 5KB
__init__.py 0B
test_cluster_level_analysis.py 4KB
test_version.py 219B
test_slice_timing.py 8KB
test_tsdiffana.py 5KB
test_realign.py 9KB
test_kernel_smooth.py 2KB
_test_utils.py 4KB
test_reslice.py 1KB
test_io_utils.py 15KB
test_affine_transformations.py 3KB
test_data
spm_hist2_args_2.mat 1.74MB
some_anat.mat 27MB
spmmmfmri.mat 1MB
spm_hist2_args_1.mat 1.08MB
test_coreg.py 3KB
test_histograms.py 2KB
openfmri.py 4KB
purepython_preproc_utils.py 15KB
nipype_preproc_fsl_utils.py 6KB
io_utils.py 27KB
slice_timing.py 17KB
version.py 57B
spm_loader
__init__.py 21B
utils.py 13KB
spm.py 4KB
cluster_level_analysis.py 6KB
nipype_preproc_spm_utils.py 66KB
kernel_smooth.py 11KB
subject_data.py 18KB
pypreprocess.py 719B
spike
glm_utils.py 10KB
sprint.py 9KB
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LinSha
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