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haplogrep-cmd:HaploGrep-mtDNA单倍群分类。 支持rCRS和RSRS
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2021-05-07
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Haplogrep是用于mtDNA单倍群分类的命令行工具。 我们还提供haplogrep作为一种快速免费的。 您可以上传与rCRS或RSRS (测试版)对齐的mtDNA配置文件,并获得线粒体单倍体作为回报。 支持FASTA , VCF和hsd输入文件。 到目前为止,Haplogrep和更新的Haplogrep 2已被引用700多次(Google学术搜索-2020年8月13日)。 请加入我们的以获取将来的更新和正在进行的讨论。 要求 Java 8或更高版本 下载并安装 使用以下命令从我们的下载页面下载并安装最新版本: curl -sL haplogrep.now.sh | bash ./haplogrep 可用工具 当前有两种工具可用。 允许将输入配置文件分类为单倍组。 计算两个单元组之间的距离。 Haplogrep分类 使用测试数据运行Haplogrep分类 wget https
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haplogrep-cmd-master.zip (63个子文件)
haplogrep-cmd-master
.gitignore 9B
.project 542B
README.md 8KB
pom.xml 3KB
.github
workflows
maven.yml 542B
LICENSE 1KB
test-data
fasta
InsertionTest3.fasta 16KB
InsertionTest2.fasta 16KB
AY195749.fasta 16KB
InsertionTest.fasta 16KB
rCRS.fasta 17KB
rsrs.fasta 17KB
phylotree
README.md 383B
Phylotree17hgs.zip 27.15MB
replacementChecks.txt 2KB
Accessions.txt 72KB
h100.hsd.txt 145B
vcf
HG00097.vcf 124KB
HG00097.vcf.gz 17KB
1000Gdel.vcf 1KB
ALL.chrMT.phase1.vcf.gz 94KB
testIndel.vcf 1KB
ALL.chrMT.phase1.vcf 5.92MB
HG00097_Diploid.vcf 129KB
h100
H100.fasta 16KB
H100s.fasta 244KB
now.json 74B
src
test
resources
rules.csv 1KB
java
genepi
haplogrep
VcfTest.java 4KB
HaplogroupTest.java 11KB
FastaTest.java 7KB
HaplogroupRSRSTest.java 8KB
QualityTest.java 2KB
HaplogrepCmdTest.java 2KB
main
resources
weights12.txt 123KB
weights16.txt 124KB
rules.csv 1KB
aminoacidchange.txt 463KB
phylotree14.xml 1.23MB
weights14.txt 110KB
weights11.txt 114KB
phylotree13.xml 946KB
phylotree17_rsrs.xml 1.79MB
phylotree12.xml 946KB
phylotree17.xml 1.86MB
weights13.txt 123KB
weights17_rsrs.txt 130KB
weights15.txt 114KB
phylotree16.xml 1.66MB
phylotree15.xml 1.35MB
weights17.txt 127KB
phylotree10.xml 849KB
weights10.txt 110KB
phylotree11.xml 893KB
java
genepi
haplogrep
main
Haplogrep.java 6KB
util
HgClassifier.java 1KB
CommandLineInterface.java 918B
distance
DistanceCheck.java 2KB
assembly
assembly.xml 1KB
.classpath 1KB
.travis.yml 15B
files
haplogrep 361B
install
github-downloader.sh 628B
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