分子系统发育分析软件Paup 使用指南

### 分子系统发育分析软件Paup使用指南 #### 软件简介 PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony and Other Methods) 是一款广泛应用于生物学领域的分子系统发育分析工具。该软件支持多种数据格式，并提供了丰富的算法和方法用于构建进化树、进行统计测试以及其他系统发育研究工作。 #### 快速开始教程 ##### 第一步：准备环境与数据 - **Mac 和 Windows 用户**： - 双击PAUP的应用图标以启动程序。 - 启动时，PAUP会自动打开“打开”对话框。选择`SampleNEXUSdat`文件夹中的`primate-mtDNA-interleaved.nex`文件。 - 若要以编辑模式启动PAUP*，可以通过点击“Edit”来更改初始模式。 - **Portable 用户**（适用于DOS和Unix）： - 更改目录至包含PAUP文档的`Sample-NEXUS-files`。 - 使用你喜欢的文本编辑器（例如vi或emacs）打开示例文件`primate-mtDNA-interleaved.nex`。 - 在编辑器中滚动查看示例文件。注意文件被“begin”和“end”关键字划分成多个部分。“begin”后的单词定义了区域类型，在此例中，有分类、元素、假设及paup等区域。 ##### 第二步：执行数据文件 - **Mac 和 Windows 用户**： - 选择`File > Execute "primate-mtDNA-interleaved.nex"`。 - **Portable 用户**： - 输入`paup`启动程序。 - 输入`execute primate-mtDNA-interleaved.nex;`。执行示例文件后，PAUP将显示关于数据的信息，包括矩阵维度和数据类型等，但此时并未执行数据分析。 ##### 第三步：记录分析结果 通常情况下，用户希望将PAUP的分析结果记录到硬盘上以便后续参考。 - **开始日志记录**： - **Mac 和 Windows 用户**： - Mac用户选择`File > Log Output to Disk`，在`Log subsequent output to:`字段输入`practice.log`，然后点击`Start Saving`。 - Windows用户在`Filename:`字段输入`practice.log`，点击`Start`。 - **Portable 用户**： - 输入`log start file=practice.log;`。 - **停止日志记录**： - 在PAUP运行的任何时间点，都可以开始或停止日志记录。若要停止日志记录，可输入`log stop;`。 #### 进阶使用技巧 - **命令行选项**：除了基本的数据加载和分析外，PAUP还支持大量的命令行选项，用于更复杂的操作。例如，可以使用`dnapars`命令来进行基于DNA数据的最大似然估计。 - **自定义脚本**：用户可以创建自定义脚本来自动化重复性的任务，提高工作效率。例如，可以编写一个脚本来批量执行多个数据集的分析。 - **扩展功能**：PAUP支持各种插件和扩展，如BioPerl接口，可以进一步增强其功能性和灵活性。 #### 总结 PAUP是一款功能强大的分子系统发育分析工具，能够满足从初学者到高级用户的多种需求。通过本指南提供的快速入门步骤，用户可以快速上手PAUP的基本操作。随着使用经验的积累，用户可以探索更多高级功能，如自定义脚本编写、命令行选项定制等，以满足特定的研究需求。