<!-- badges: start -->
[![Lifecycle:
experimental](https://img.shields.io/badge/lifecycle-experimental-orange.svg)](https://www.tidyverse.org/lifecycle/#experimental)
[![R build status](https://github.com/explodecomputer/simulateGP/workflows/R-CMD-check/badge.svg)](https://github.com/explodecomputer/simulateGP/actions)
<!-- badges: end -->
# Simulate genotype-phenotype data or GWAS summary data
This package contains functions that simulate individual-level genotype and phenotype data that conform to pre-specified directed acyclic graphs. It can also simulate GWAS summary data for arbitrary sample sizes rapidly, with realistic genetic architectures, sample overlap effects and LD structures.
To install:
```
devtools::install_github("explodecomputer/simulateGP")
```
## Documentation
For extended information see the documentation [here](https://explodecomputer.github.io/simulateGP).
没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
simulateGP:R包可模拟基因型-表型图并进行分析
共168个文件
html:48个
rd:43个
r:25个
5星 · 超过95%的资源 需积分: 36 2 下载量 89 浏览量
2021-03-05
07:39:17
上传
评论 1
收藏 2.29MB ZIP 举报
温馨提示
模拟基因型-表型数据或GWAS摘要数据 该程序包包含模拟符合预定有向无环图的个体水平基因型和表型数据的功能。 它还可以通过逼真的遗传结构,样品重叠效应和LD结构,快速模拟任意样品大小的GWAS摘要数据。 安装: devtools::install_github("explodecomputer/simulateGP") 文献资料 有关更多信息,请参见的文档。
资源详情
资源评论
资源推荐
收起资源包目录
simulateGP:R包可模拟基因型-表型图并进行分析 (168个子文件)
AFR.bed 70KB
EUR.bed 46KB
ASN.bed 39KB
docsearch.css 11KB
pkgdown.css 7KB
DESCRIPTION 1006B
.gitignore 52B
.gitignore 11B
weak_instruments.html 60KB
gwas_summary_data.html 26KB
index.html 13KB
create_system.html 8KB
make_phen.html 7KB
simulate_individual_2smr.html 7KB
risk.html 7KB
individual_gwas.html 7KB
fast_linreg.html 7KB
init_parameters.html 7KB
expected_gwas.html 7KB
index.html 7KB
theoretical_gwas.html 7KB
make_dat.html 7KB
gwas_se.html 6KB
risk_cross_plot.html 6KB
lor_to_rsq.html 6KB
get_population_allele_frequency.html 6KB
risk_simulation.html 6KB
contingency.html 6KB
choose_effects.html 6KB
generate_gwas_ss.html 6KB
get_effs.html 6KB
add_u.html 6KB
make_mvdat.html 6KB
generate_gwas_params.html 6KB
simulate_population.html 6KB
y_to_binary.html 6KB
expected_se.html 6KB
gx_to_gp.html 6KB
ascertain_samples.html 6KB
recode_dat.html 6KB
recode_dat_intercept.html 6KB
make_geno.html 6KB
index.html 6KB
sample_system_effects.html 6KB
fast_assoc.html 6KB
estimate_system_effects.html 6KB
expected_mse.html 6KB
gwas.html 6KB
sample_beta.html 6KB
recode_dat_simple.html 5KB
test_system.html 5KB
expected_ssx.html 5KB
allele_frequency.html 5KB
range01.html 5KB
404.html 5KB
authors.html 5KB
pkgdown.js 3KB
docsearch.js 2KB
LICENSE 43B
LICENSE.md 1KB
README.md 900B
NAMESPACE 1KB
2smr.png 268KB
unnamed-chunk-6-1.png 201KB
unnamed-chunk-5-1.png 176KB
mrdag.png 133KB
unnamed-chunk-8-5.png 127KB
unnamed-chunk-8-6.png 126KB
unnamed-chunk-8-1.png 117KB
unnamed-chunk-9-1.png 117KB
unnamed-chunk-8-5.png 102KB
unnamed-chunk-8-6.png 102KB
unnamed-chunk-5-2.png 96KB
unnamed-chunk-4-2.png 89KB
unnamed-chunk-8-2.png 88KB
unnamed-chunk-4-3.png 79KB
unnamed-chunk-8-3.png 67KB
unnamed-chunk-8-1.png 67KB
unnamed-chunk-4-1.png 66KB
unnamed-chunk-8-4.png 56KB
unnamed-chunk-9-1.png 47KB
unnamed-chunk-5-2.png 47KB
unnamed-chunk-8-2.png 42KB
unnamed-chunk-5-1.png 38KB
unnamed-chunk-9-2.png 31KB
unnamed-chunk-8-3.png 29KB
unnamed-chunk-8-4.png 23KB
mr_system.r 12KB
disease_rsq.r 5KB
summary_set.r 5KB
summary_data.R 4KB
ld.r 4KB
format_mr.r 4KB
generate_individuals.r 4KB
risk.r 4KB
expected_gwas2.r 3KB
expected_gwas.r 3KB
risk.r 2KB
rsq_liability.r 2KB
theoretical_gwas.R 2KB
共 168 条
- 1
- 2
EngleSEN
- 粉丝: 47
- 资源: 4502
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
最新资源
- 海信智能电视刷机数据 LED32K20JD(1115)BOM5 生产用软件数据 务必确认机编一致 强制刷机 整机USB升级程序
- 520表白html5爱心代码
- TINY Syntax Tree -setup1.0.0
- mmexport1689832776313.jpg
- 月宝の病理の爱(黑).zi
- 海信智能电视刷机数据 LED32EC510N(2000)BOM22 生产用软件数据 务必确认机编一致 强制刷机 整机USB升级
- 电磁场与波,非常基础的知识总结
- android ios java后台通用DES base64加密
- 华为OD刷题C卷练习记录(300道).rar
- 最新《Vue-框架开发》期末考试试题分享给需要的同学
资源上传下载、课程学习等过程中有任何疑问或建议,欢迎提出宝贵意见哦~我们会及时处理!
点击此处反馈
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功
评论1