PhyloCSFpp:PhyloCSF ++计算PhyloCSF轨道以进行全基因组多序列比对，对单个MSA进行评分，并使用Phy...
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PhyloCSFpp-master.zip （72个子文件） 
PhyloCSFpp-master 
CMakeLists.txt 7KB
.gitignore 35B README.rst 7KB test tests.sh 3KB runPhyloCSF.sh 1KB maf-file-small chr22.50alignments.maf 48KB PhyloCSF-results chr22.50alignments.PhyloCSF.omega.scores 2KB chr22.50alignments.PhyloCSF.fixed.scores 3KB chr22.50alignments.PhyloCSF.mle.scores 3KB PhyloCSFpp-results chr22.50alignments.fixed.scores 3KB chr22.50alignments.mle.scores 3KB chr22.50alignments.omega.scores 2KB maf-file-medium chr22.head.orig.results.formatted 32KB PhyloCSF-results chr22.516alignments.PhyloCSF.mle.scores 28KB chr22.516alignments.PhyloCSF.omega.scores 23KB chr22.516alignments.PhyloCSF.fixed.scores 28KB chr22.516alignments.maf.fixed.scores 28KB chr22.516alignments.maf.omega.scores 22KB chr22.516alignments.maf.mle.scores 28KB chr22.516alignments.maf 847KB automatic_tests.cpp 6KB expected_results build-tracks PhyloCSFRaw-3.wig 222KB PhyloCSF-2.wig 211KB PhyloCSFRaw+3.wig 222KB PhyloCSF-1.wig 211KB PhyloCSFRaw-1.wig 222KB PhyloCSF+3.wig 211KB PhyloCSFRaw-2.wig 222KB PhyloCSFRaw+1.wig 221KB PhyloCSF+1.wig 211KB PhyloCSF+2.wig 212KB PhyloCSFRaw+2.wig 223KB PhyloCSFpower.wig 199KB PhyloCSF-3.wig 212KB annotate-with-tracks galGal6_chr22_25_28_subset_ensGene.PhyloCSF++.gtf 61KB galGal6_chr22_25_28_subset_ncbiRefSeq.PhyloCSF++.gtf 191KB galGal6_chr22_25_28_subset_refGene.PhyloCSF++.gtf 2KB src bitvector.hpp 316B common.hpp 2KB phylocsf++build_tracks.hpp 19KB phylocsf++.cpp 2KB translation.hpp 3KB parallel_file_reader.hpp 25KB instance.hpp 27KB newick.hpp 10KB additional_scores.hpp 3KB gff_reader.hpp 6KB phylocsf++annotate_with_tracks.hpp 12KB run.hpp 9KB estimate_hmm_parameter.hpp 13KB phylocsf++score_msa.hpp 16KB create_tracks.hpp 9KB arg_parse.hpp 13KB fixed_lik.hpp 21KB omega.hpp 9KB ecm.hpp 3KB models.hpp 646KB phylocsf++annotate_with_mmseqs.hpp 32KB LICENSE.md 71KB example galGal6_coding_exons.txt 5.54MB galGal6_chr22_25_28_subset_ncbiRefSeq.gtf 155KB tracks PhyloCSF+3.bw 184KB PhyloCSF-1.bw 185KB PhyloCSFpower.bw 139KB PhyloCSF+1.bw 185KB PhyloCSF+2.bw 185KB PhyloCSF-2.bw 186KB PhyloCSF-3.bw 186KB galGal6_chr22_25_28_subset_ensGene.gtf 50KB galGal6_chr22_25_28_subset_refGene.gtf 2KB
galGal6_chr22_25_28_each_30k_bases.maf.gz 3.27MB .travis.yml 6KB资源评论
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