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EDNA:结合位点的基于能量的多序列比对(MSA)-开源
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2021-04-29
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转录因子结合位点的多序列比对,使用双核苷酸依赖性,并依靠相邻DNA碱基之间的自由相互作用能来稳定比对的取代能。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23990411
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EDNA1.3.1.zip (35个子文件)
Bin
Edna.jar 310KB
run.sh 69B
output.fa 571B
Lib
java-getopt-1.0.14.jar 58KB
la4j-0.3.0.jar 105KB
Opal.1.0.3.jar 388KB
usage.txt 943B
Examples
HNS.fa 843B
PhoP.fa 567B
FlhDC.fa 472B
FNR.fa 2KB
GlpR.fa 636B
CpxR.fa 1004B
ArgR.fa 850B
OmpR.fa 608B
ArcA.fa 2KB
Fis.fa 5KB
Lrp.fa 2KB
SoxS.fa 486B
TyrR.fa 564B
IHF.fa 2KB
LEXA.fa 832B
CRP.fa 8KB
MetJ.fa 424B
AraC.fa 512B
Fur.fa 2KB
NtrC.fa 792B
Source
edna
alignment
EDNA_Alignment.java 22KB
.DS_Store 6KB
IO
FileFastaWriter.java 2KB
DDNASequenceConverter.java 11KB
EDNA.java 4KB
opal
polish
RandomTreeTwoCutPolisher.java 6KB
IO
usage.txt 943B
CostMatrix.java 4KB
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看起来很年长的一条鱼
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