joe-benthos:胡德运河和圣胡安eDNA序列数据的生物信息学管道

乔·本索斯 概括 最初尝试重现和扩展胡德运河和圣胡安群岛eDNA数据的分析。 上提供了原始数据和原始生物信息学管道。相关的海洋酸化项目和管道可。 初始方法和结果 工作流程 从Gannett检索数据 运行MultiQC 使用解复用样本 dada2的去噪和滤波序列 使用Insect 1.2分配分类单元 要重现此工作流程，请参见 目录结构 /analysis/用于分类单元分配数据整形，数据探索和可视化的代码。 /all.the.useful.tables/分类单元分配和数据整形的输出表。 /code/用于检索数据的代码，以及其他生物信息学工具的示例代码。 /data/原始数据。 /documentation/初始结果和方法。 /practice/ Fish546的实践代码和作业。 /refs/此项目和未来项目的有用和有趣的参考。