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pymod:PyMod 3-PyMOL中的序列相似性搜索,多个序列结构比对和同源性建模
共431个文件
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2021-05-24
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PyMod 3 PyMod 3是一个开源插件,旨在充当PyMOL与多种生物信息学工具(例如BLAST +,HMMER,Clustal Omega,MUSCLE,PSIPRED和MODELLER)之间的接口。 当前的PyMod版本PyMod 3与最新的PyMOL版本兼容(请参见下面的“需求”部分),并对其前身(PyMod 2)进行了新功能扩展。 从靶蛋白的氨基酸序列开始,用户可以利用PyMod 3进行同源性建模过程的三个步骤(即模板搜索,靶标-模板序列比对和模型构建),以构建一个目标蛋白质(或蛋白质复合物)的3D原子模型。 另外,PyMod 3也可以在同源性建模环境之外使用,以扩展具有许多类型功能的PyMOL。 序列相似性搜索,多个序列/结构比对建立,进化保守性分析,域解析和循环建模可以在PyMod 3 / PyMOL环境中执行。 要求 PyMod 3已经过测试,可以在Windows,ma
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pymod:PyMod 3-PyMOL中的序列相似性搜索,多个序列结构比对和同源性建模 (431个子文件)
PF00069_seed_min.fasta 2KB
sequence.fasta 85B
.gitignore 19B
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readMeta.m 2KB
README.md 3KB
CHANGELOG.md 3KB
PACKAGING 902B
1NDD.pdb 237KB
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1UBI.pdb 74KB
auto.png 1022B
ctrl.png 934B
lock.png 913B
default.png 810B
branch-closed_hover.png 329B
branch-closed.png 328B
branch-open_hover.png 306B
branch-open.png 306B
checkbox_checked.png 244B
checkbox_checked_disabled.png 234B
checkbox_indeterminate.png 189B
checkbox_indeterminate_disabled.png 183B
dropdown_on.png 175B
scrollbar_down_arrow.png 175B
dropdown.png 175B
scrollbar_down_arrow_pressed.png 175B
scrollbar_up_arrow.png 174B
scrollbar_up_arrow_pressed.png 174B
scrollbar_left_arrow_pressed.png 173B
scrollbar_left_arrow.png 173B
scrollbar_down_arrow_disabled.png 171B
dropdown_disabled.png 171B
scrollbar_right_arrow.png 170B
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scrollbar_right_arrow_pressed.png 170B
scrollbar_left_arrow_disabled.png 167B
scrollbar_right_arrow_disabled.png 166B
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sizegrip.png 164B
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spinup_pressed.png 147B
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spindown_pressed.png 147B
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up_arrow.png 147B
spinup_disabled.png 147B
up_arrow_pressed.png 147B
left_arrow.png 146B
left_arrow_pressed.png 146B
left_arrow_disabled.png 146B
right_arrow_disabled.png 143B
right_arrow_pressed.png 143B
right_arrow.png 143B
radiobutton_checked.png 139B
radiobutton_checked_disabled.png 139B
branch-end.png 121B
branch-more.png 115B
vline.png 103B
__init__.py 141KB
functions.py 94KB
ROI.py 91KB
_gui_qt.py 88KB
ViewBox.py 66KB
pixmapData_2.py 64KB
MetaArray.py 56KB
_installer.py 53KB
pixmapData_3.py 52KB
remoteproxy.py 47KB
PlotItem.py 46KB
main_window_qt.py 44KB
AxisItem.py 44KB
_main_menu_commands.py 43KB
_base_blast.py 42KB
pymod_plot_qt.py 41KB
debug.py 40KB
_header_entry_qt.py 39KB
GradientEditorItem.py 37KB
ScatterPlotItem.py 36KB
PlotDataItem.py 35KB
pymod_element.py 35KB
Flowchart.py 35KB
contact_map_analysis.py 34KB
pymod_vars.py 33KB
ramachandran_plot.py 33KB
__init__.py 33KB
shared_gui_components_qt.py 32KB
Parameter.py 32KB
ImageView.py 31KB
_elements_loading.py 30KB
__init__.py 28KB
_base_regular_alignment.py 27KB
import_hhsuite.py 26KB
__init__.py 26KB
parameterTypes.py 25KB
_sequence_text_qt.py 25KB
ImageItem.py 25KB
Node.py 25KB
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