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生物序列相似性的比较

本文主要介绍了两条序列相似性的比较问题。我们首先从该问题的生物学动机入手,说明解决这一问题的实际应用意义 然后给出该问题的定义以及问题的分类。从第二节开始分别介绍和分析全局联配问题、局部联配问题、End space-fre alignment问题和空位处罚的算法。通过以上这些内容的介绍,揭示该问题(两条序列的相似性比较)算法的核心内容是 动态规划(Dynamic Programming)。
2010-12-26 上传大小:262KB
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基因序列对比

类基因由4种核苷酸 分别用字母ACTG表示 要求编写一个程序 按以下规划比较两个基因序列并确定它们的相似程度 即两 给出两个基因序列AGTGATG和GTTAG 它们有多相似呢 测量两个基因的相似度一种方法称为对齐 使用对齐方法可以在基因的适当位置加入空格 让两个基因的长度相等 然后根据基因的分值矩阵计算分数 A C G T A 5 1 2 1 3 C 1 5 3 2 4 G 2 3 5 2 2 T 1 2 2 5 1 3 4 2 1 比较AGTGATG与GTTAG 第一种对齐方案为: 首先可以给AGTATG插入一个空格得:AGTAT G GTTAG插入3个空格即得: GT TAG 上面的匹配分值为: 3+5+5+ 2 + 3 +5+ 3 +5 9 第二种对齐方案为: AGTGATG GTTA G 得到的分值为: 3 +5+5+ 2 +5+ 1 +5 14 当然还有其它对齐方式 但以上对齐方式是最优的 所以两个基因的相似度就为14 ">类基因由4种核苷酸 分别用字母ACTG表示 要求编写一个程序 按以下规划比较两个基因序列并确定它们的相似程度 即两 给出两个基因序列AGTGATG和GTTAG 它们有多相似呢 测量两个基因的相似度一种方法称为对齐 使用对齐方 [更多]

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生物序列比对

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