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torchmd:使用PyTorch的端到端分子动力学(MD)引擎
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火炬MD 关于 TorchMD旨在提供一种易于使用的API,以使用PyTorch进行分子动力学。 这使研究人员能够更快速地进行力场开发研究,并将神经网络的潜能无缝整合到动力学中,而PyTorch便具有强大的功能。 TorchMD当前是WIP,因此可以随时在GitHub问题跟踪器中提供有关API或潜在错误的反馈。 引文 请引用: @misc{doerr2020torchmd, title={TorchMD: A deep learning framework for molecular simulations}, author={Stefan Doerr and Maciej Majewsk and Adrià Pérez and Andreas Krämer and Cecilia Clementi and Frank Noe and Toni Giorgi
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torchmd:使用PyTorch的端到端分子动力学(MD)引擎 (104个子文件)
acemdq.ckp.40 1.07MB
input.coor 16KB
mol.frcmod 1KB
.gitignore 1KB
MANIFEST.in 46B
input 511B
tutorial.ipynb 29KB
Makefile 229B
README.md 1KB
LICENSE.md 1KB
mol.mol2 2KB
argon.par 593B
parameters 124KB
parameters 13KB
structure.pdb 482KB
structure.pdb 54KB
structure.pdb 23KB
structure.pdb 23KB
argon_start.pdb 8KB
structure.pdb 4KB
mol.pdb 2KB
structure.pdb 1KB
structure.pdb 524B
mol.pdb 502B
mol.pdb 416B
mol.pdb 344B
structure.pdb 287B
structure.pdb 287B
argon2.pdb 282B
argon2.pdb 282B
structure.pdb 208B
structure.pdb 208B
dummy.pdb 205B
parameters.prm 760KB
parameters.prm 760KB
parameters.prm 760KB
parameters.prm 760KB
mol.prm 1KB
mol.prm 906B
mol.prm 906B
par_water_ions.prm 892B
par_water_ions.prm 688B
par_water_ions.prm 688B
mol.prm 381B
structure.prmtop 1.94MB
structure.prmtop 124KB
structure.prmtop 33KB
structure.prmtop 14KB
structure.psf 30KB
structure.psf 30KB
mol.psf 4KB
cg_structure.psf 3KB
structure.psf 1KB
mol.psf 1KB
structure.psf 1003B
structure.psf 940B
structure.psf 863B
structure.psf 861B
mol.psf 710B
structure.psf 685B
mol.psf 675B
forces.py 22KB
test_torchmd.py 18KB
parameters.py 10KB
run.py 7KB
run_omm_compare.py 5KB
ff_parmed.py 4KB
ff_yaml.py 3KB
systems.py 3KB
utils.py 2KB
minimizers.py 2KB
integrator.py 2KB
wrapper.py 2KB
mycalc.py 2KB
neighbourlist.py 2KB
forcefield.py 1KB
setup.py 1KB
analysis.py 520B
__init__.py 1B
__init__.py 0B
mol.rtf 1KB
mol.rtf 543B
top_water_ions.rtf 503B
mol.rtf 436B
top_water_ions.rtf 427B
top_water_ions.rtf 427B
mol.rtf 328B
argon.rtf 155B
torchmd 190B
requirements.txt 74B
input.xsc 270B
output.xtc 2KB
cg_structure.xtc 172B
tmp.xtc 128B
tmp.xtc 80B
forcefield.yaml 4KB
conf.yaml 586B
conf.yaml 572B
conf.yaml 463B
water_conf.yaml 442B
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李彼岸
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