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sequenceTubeMap:以管图的形式显示多个基因组序列
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2021-05-11
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序列管图 一个用于可视化基因组序列图JavaScript模块。 它会自动生成序列图的“管状图”可视化效果,该序列图已使用创建。 链接到工作演示: : 生物学背景 最近的科学进展导致可用基因组序列信息的数量大大增加。 过去,该序列信息由单个参考序列组成,可以相对容易地以线性方式对其进行可视化。 今天,我们经常知道特定DNA序列的多种变体。 这些可能是来自同一物种的不同个体的序列,也可能是来自不同物种的同源(=具有共同祖先)序列。 各个序列之间的差异称为多态性,其大小范围可以从单个碱基对的变异到涉及DNA长链延伸的变异。 这些多态性是所有序列分析的重点,因为分析序列之间的差异并将它们与表型的可能差异相关联,可以得出有关所分析序列功能的结论。 图形数据结构允许在单个数据结构中对多个相关序列进行编码。 目的是通过简化序列的相似性和差异来简化多个序列的比较。 有许多方法(和文件格式)以图形形式
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sequenceTubeMap-master.zip (56个子文件)
sequenceTubeMap-master
.gitignore 58B
README.md 9KB
uploads
.gitignore 70B
exampleData
x.vg.gbwt 3KB
snp1kg-BRCA1.vg 99KB
cactus-NA12879.sorted.gam 2.54MB
NA12878-BRCA1.sorted.gam 2.85MB
cactus-NA12879.sorted.gam.gai 605B
x.vg 6KB
cactus.vg 38KB
cactus-NA12879.gam 3.41MB
cactus.vg.xg 86KB
x.vcf.gz 967B
NA12878-BRCA1.gam 4.14MB
x.fa 1017B
snp1kg-BRCA1.vg.xg 190KB
NA12878-BRCA1.sorted.gam.gai 635B
x.vcf.gz.tbi 90B
x.vg.xg 8KB
.github
workflows
test.yml 810B
public
logo.png 7KB
index.html 431B
favicon.ico 12KB
.gitattributes 11B
package.json 1KB
src
components
ExampleSelectButtons.js 2KB
MountedDataFormRow.js 3KB
HeaderForm.js 11KB
RadioRow.js 1KB
CustomizationAccordion.js 7KB
TubeMap.js 655B
DataPositionFormRow.js 4KB
FileUploadFormRow.js 5KB
TubeMapContainer.js 5KB
App.test.js 2KB
server.js 16KB
config.json 762B
setupProxy.js 854B
end-to-end.test.js 5KB
App.css 2KB
index.js 189B
App.js 4KB
enums.js 205B
util
tubemap.js 120KB
demo-data.js 39KB
scripts
prepare_gam.sh 293B
prepare_vg.sh 453B
deleteOldUploads.sh 692B
images
example1.png 2KB
example2.png 2KB
example3.png 5KB
header.png 114KB
LICENSE.txt 1KB
deploy.md 899B
.editorconfig 476B
yarn.lock 298KB
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李彼岸
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