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covid19uk
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2021-01-31
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covid19uk:英国的COVID-19的贝叶斯随机空间建模 档案 covid Python软件包 model_spec.py使用tfp.JointDistributionNamed以及辅助函数来定义CovidUK模型 inference.py演示了适合模型的MCMC模型 simulate.py demontrates从模型模拟 example_config.yaml示例配置文件,其中包含数据路径和MCMC设置 data一个包含示例data的目录(请参见下文) environment.yaml所需环境的描述。 使用conda create -f environment.yaml 8 summary.py python脚本,将MCMC结果汇总到Geopkg文件中。 示例数据文件 data/example_cases.csv文件,其中包含英国PHE收集并显示的43个英格兰地方当局的案例数据 data/example_population.csv是包含英国地方当局人口数据的文件,取自ONS预测2019年12月 data/example_mobility.csv来自2011年英国人口普查通
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covid19uk-master.zip (55个子文件)
covid19uk-master
inference.py 13KB
covid
util.py 15KB
config.py 103B
model.py 6KB
__init__.py 0B
model_nonflat.py 12KB
impl
util.py 4KB
event_time_proposal.py 9KB
Categorical2.py 1KB
discrete_markov.py 6KB
multi_scan_kernel.py 1KB
occult_proposal.py 4KB
__init__.py 0B
occult_events_mh.py 8KB
mcmc.py 6KB
KCategorical.py 2KB
event_time_mh.py 9KB
debugging.py 945B
UniformInteger.py 5KB
gibbs.py 5KB
plotting.py 3KB
summary.py 570B
simulate.py 2KB
.flake8 31B
example_config.yaml 613B
requirements.txt 36B
doc
lancs_space_model_concept.tex 18KB
riskreport_prevalence_2.pdf 1.24MB
lancs_space_model_concept.pdf 4.07MB
riskreport_Rt_1.pdf 1.31MB
riskreport_cases14day_1.pdf 1.31MB
bayes_risk.bib 3KB
LICENSE 1KB
README.md 2KB
data
example_mobility.csv 11KB
example_population.csv 730B
example_traffic_flow.csv 6KB
example_cases.csv 89KB
uk_clip.gpkg 132KB
model_spec.py 7KB
tests
test_simulate.py 2KB
test_stochastic_logp.py 3KB
test_util.py 873B
test_uniforminteger.py 846B
__init__.py 0B
test_impl_util.py 2KB
test_propagate.py 2KB
fixture
test_regularize_occults.npz 64KB
stochastic_sim_medium.pkl 129KB
stochastic_sim_small.pkl 129KB
test_event_initialize.py 995B
test_data_ingest.py 464B
test_event_proposals.py 9KB
summary.py 7KB
environment.yaml 511B
共 55 条
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靚兔
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