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openmm_rigidbody_plugin:OpenMM的刚体动力学
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2021-05-16
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OpenMM刚体插件 在该项目中,为实现了刚体的动力学,该动力学具有以下新功能: 一个RigidBodyIntegrator类,用于对由刚体和自由原子组成的系统执行运动的哈密顿运动方程的辛,时间可逆且体积守恒的积分。 ForceField类的扩展,它允许定义刚体模板以及创建包含刚体的系统。 StateDataReporter类的扩展,它能够显示正确的温度(考虑到减少的自由度数)以及动能的平移和旋转部分。 该插件基于官方的构建。 公式 如果您使用此插件,请引用包含使用公式的论文: Silveira and Abreu,Journal of Chemical Physics 2017,147,124104,doi: 以Bibtex格式: @article{Silveira_and_Abreu_2017, doi = {10.1063/1.5003636}, y
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openmm_rigidbody_plugin-master.zip (72个子文件)
openmm_rigidbody_plugin-master
.travis.yml 2KB
cmake
Findcodecov.cmake 8KB
FindOpenCL.cmake 3KB
FindLcov.cmake 12KB
FindGcov.cmake 5KB
openmmapi
include
RigidBody.h 3KB
internal
MatVec.h 4KB
eigenDecomposition.h 1KB
windowsExportRigidBody.h 2KB
ellipticFunctions.h 9KB
RigidBodyKernels.h 5KB
RigidBodySystem.h 2KB
RigidBodyIntegrator.h 6KB
src
RigidBodySystem.cpp 8KB
MatVec.cpp 13KB
RigidBodyIntegrator.cpp 4KB
eigenDecomposition.cpp 5KB
RigidBody.cpp 10KB
serialization
tests
TestSerializeRigidBodyIntegrator.cpp 4KB
CMakeLists.txt 576B
include
RigidBodyIntegratorProxy.h 599B
src
RigidBodyIntegratorProxy.cpp 4KB
RigidBodySerializationProxyRegistration.cpp 3KB
python
imports.py 111B
rigidbodyplugin.i 2KB
statedatareporter.py 4KB
setup.py 1KB
CMakeLists.txt 1004B
forcefield.py 7KB
tests
TestRigidBodyIntegrator.h 11KB
LICENSE 1KB
TODO.md 212B
platforms
cuda
EncodeCUDAFiles.cmake 2KB
tests
TestCudaRigidBodyIntegrator.cpp 2KB
CMakeLists.txt 1KB
CudaRigidBodyTests.h 3KB
include
CudaRigidBodyKernelFactory.h 3KB
src
CudaRigidBodyKernels.cpp 22KB
CudaRigidBodyKernels.h 6KB
CudaRigidBodyKernelSources.cpp.in 2KB
kernels
elliptic.cu 7KB
vectorOps.cu 7KB
rigidbodyintegrator.cu 19KB
CudaRigidBodyKernelFactory.cpp 4KB
CudaRigidBodyKernelSources.h.in 3KB
CMakeLists.txt 4KB
opencl
tests
OpenCLRigidBodyTests.h 3KB
TestOpenCLRigidBodyIntegrator.cpp 2KB
CMakeLists.txt 831B
include
OpenCLRigidBodyKernelFactory.h 3KB
src
OpenCLRigidBodyKernelFactory.cpp 4KB
cl.hpp 270KB
OpenCLRigidBodyKernels.h 5KB
OpenCLRigidBodyKernelSources.h.in 3KB
OpenCLRigidBodyKernels.cpp 6KB
OpenCLRigidBodyKernelSources.cpp.in 2KB
kernels
rigidbodyintegrator.cl 4KB
EncodeCLFiles.cmake 2KB
CMakeLists.txt 3KB
reference
tests
TestReferenceRigidBodyIntegrator.cpp 2KB
ReferenceRigidBodyTests.h 3KB
CMakeLists.txt 614B
include
ReferenceRigidBodyKernelFactory.h 3KB
src
ReferenceRigidBodyKernels.h 5KB
ReferenceRigidBodyKernels.cpp 6KB
ReferenceRigidBodyKernelFactory.cpp 4KB
CMakeLists.txt 2KB
.gitignore 297B
.codecov.yml 15B
CMakeLists.txt 5KB
Makefile 441B
README.md 9KB
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蒙霄阳
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