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OpenMM工具 包含电池的工具包,用于GPU加速的OpenMM分子模拟引擎。 openmmtools是位于openmmtools的Python库层,用于访问各种有用的工具来构建功能全面的分子模拟程序包。 功能包括: 高质量的,包括 , 和其他拆分 用于自由能计算的器或非 用于分子模拟的可扩展 增强的采样方法,包括副本交换(REMD)和自调整混合采样(SAMS) 用于生成经系统,以计算绝对和相对自由能 一套用于基准测试,验证和调试的 用户友好的存储接口层 请参阅ReadTheDocs的完整文档。 执照 OpenMMTools是根据MIT许可发行的。 贡献者 完整的贡献者列表可以在这里找到。 主要贡献者包括: 安德里亚·里齐(Andrea Rizzi) <andrea> (WCMC) 约翰·D Chodera <john.chod
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openmmtools:包含电池的工具包,用于GPU加速的OpenMM分子模拟引擎 (239个子文件)
make.bat 815B
run_test.bat 88B
bld.bat 51B
references.bib 1KB
setup.cfg 592B
trpzip2.crd 787KB
complex-minimized.crd 93KB
complex.crd 93KB
receptor-minimized.crd 93KB
receptor.crd 93KB
alanine-dipeptide.crd 81KB
methanol-box.crd 27KB
watbox216.crd 23KB
alanine-dipeptide.crd 814B
ligand.crd 668B
ligand-minimized.crd 668B
viologen.frcmod 702B
cb7_am1-bcc.frcmod 333B
CB7.frcmod 293B
benzene.frcmod 200B
ligand.frcmod 178B
b2_am1-bcc.frcmod 67B
.gitignore 1KB
setup.leap.in 923B
setup.leap.in 904B
setup.leap.in 772B
setup.leap.in 721B
setup.leap.in 453B
setup.leap.in 433B
testenergy.sander.in 196B
leap.in 140B
min.sander.in 123B
MANIFEST.in 118B
inpcrd 1.64MB
complex-explicit.inpcrd 512KB
inpcrd 486KB
solvent.inpcrd 222KB
complex-explicit.inpcrd 160KB
complex.inpcrd 7KB
complex-vacuum.inpcrd 7KB
complex-vacuum.inpcrd 6KB
receptor.inpcrd 5KB
receptor.inpcrd 5KB
ligand.inpcrd 2KB
vacuum.inpcrd 2KB
ligand.inpcrd 1KB
complex.inpcrd 1001B
solvent.inpcrd 563B
receptor.inpcrd 453B
logo.jpg 15KB
LICENSE 1KB
leap.log 26KB
leap.log 18KB
leap.log 16KB
leap.log 9KB
leap.log 8KB
Makefile 608B
CODE_OF_CONDUCT.md 3KB
README.md 3KB
README.md 3KB
CONTRIBUTING.md 2KB
README.md 864B
README.md 748B
PULL_REQUEST_TEMPLATE.md 507B
README.md 373B
README.md 140B
README.md 135B
README.md 112B
README.md 103B
README.md 103B
README.md 0B
mdinfo 401B
cb7_tripos.mol2 14KB
CB7.tripos.mol2 13KB
CB7.tripos.mol2 13KB
CB7.gaff.mol2 13KB
cb7_am1-bcc.mol2 13KB
viologen.gaff.mol2 6KB
viologen.tripos.mol2 6KB
viologen.tripos.mol2 6KB
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b2_am1-bcc.mol2 3KB
ligand.mol2 2KB
ligand.tripos.mol2 2KB
benzene.gaff.mol2 1KB
ligand-min.sander.out 194KB
receptor-min.sander.out 194KB
complex-min.sander.out 194KB
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complex-testenergy.sander.out 7KB
receptor-testenergy.sander.out 7KB
setup.leap.out 4KB
1yi6-pdbfixer.pdb 4.37MB
1yi6-minimized.pdb 4.37MB
1AP4_14_wat.pdb 1.93MB
system.pdb 1.82MB
minimized_dna_dodecamer.pdb 1.05MB
complex-explicit.pdb 972KB
1yi6-pdbfixer.pdb 350KB
1yi6-minimized.pdb 350KB
共 239 条
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