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scBurstSim:单细胞转录爆发和噪声模拟器
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2021-02-10
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scBurstSim 单细胞转录爆发/波动和噪声模拟器 在单细胞水平上对转录和采样噪声进行随机建模。 用法 usage: main.py [-h] -nc [number of cells] -sf [strategies_file] [-g [gap minutes)]] [-w [window length(minutes]] [-e [efficiency of RNA retrieval]] [-o [out_dir]] optional arguments: -h, --help show this help message and exit -nc [number of cells], --nr_cells [number of cells]
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scBurstSim-master.zip (32个子文件)
scBurstSim-master
setup.py 385B
simulator
__init__.py 0B
transcription_plots.py 2KB
Experiment.py 11KB
StrategyReader.py 3KB
Transcription.py 8KB
StrategyGenerator.py 8KB
.gitignore 2KB
single_allele_example.py 6KB
requirements.txt 50B
data
Larsson 2019 C57 allele.csv 826KB
Larsson 2019 CAST allele.csv 823KB
strategies.csv 915B
Herzog 2017 table 2.csv 624KB
strategies_mixed.csv 47KB
analysis
SimulatedDistribution.py 2KB
analyze_active_state.py 4KB
show_distributions.py 8KB
cluster_alleles.py 9KB
data_analysis.py 9KB
correlation_labels.py 4KB
analyze_parameters.py 14KB
infer_parameters_example.py 7KB
infer_parameters_poisson.py 14KB
utils
utils.py 265B
README.md 6KB
read_larsson2019.py 5KB
generate_strategies.py 3KB
solution
nonstationary.py 8KB
nonstat_markov.py 2KB
stationary.py 3KB
main.py 5KB
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