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sm-engine:代谢物注释引擎,用于成像质谱
共100个文件
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2021-04-27
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该项目已迁移到 空间代谢组学引擎 用于成像质谱数据集的高通量分子注释 主要特点 质心的imzML文件作为输入数据集文件 基于Apache Spark的实现,可轻松从一台机器扩展到集群 可以在本地和分布式模式下运行 带有单元测试,回归测试和科学测试 用于上载和浏览搜索结果的 ,可轻松部署到AWS 安装 请检查项目 上传数据集和浏览结果 请访问在AWS上运行的Web应用程序的帮助页面: 运行sm引擎测试 安装, circleci build从项目根目录运行circleci build 。 资金 该项目由欧洲Horizon2020项目METASPACE (编号634402), NIH NIDDK项目KPMP和欧洲分子生物学实验室的内部资金资助。 执照 该项目是根据Apache 2.0许可获得许可的。
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sm-engine:代谢物注释引擎,用于成像质谱 (100个子文件)
spheroid_untreated_search_res.csv 63KB
Dockerfile 1KB
.gitignore 261B
Untreated_3_434.ibd 34.94MB
Example_Continuous.ibd 328KB
Untreated_3_434.imzML 7.44MB
Example_Continuous.imzML 23KB
mol_db_conf.ini 236B
test_config.json 3KB
sci_test_config.json 3KB
meta.json 1KB
config.json 450B
config.json 354B
LICENSE 11KB
Makefile 8KB
README.md 2KB
apple_surface_swab.mzML 3.91MB
queue.py 20KB
dataset_manager.py 13KB
test_z_search_job_imzml_example.py 12KB
es_export.py 12KB
search_job.py 11KB
metabolights.py 10KB
conf.py 10KB
test_dataset_manager.py 10KB
test_es_exporter.py 10KB
test_sm_daemon.py 9KB
png_generator.py 8KB
sci_test_spheroid.py 8KB
formula_imager_segm.py 8KB
work_dir.py 7KB
sm_daemon.py 7KB
dataset.py 6KB
ion_centroids_gen.py 6KB
ms_txt_converter.py 5KB
chebi_importer.py 5KB
api.py 5KB
db.py 5KB
test_acq_geometry.py 5KB
formula_img_validator.py 4KB
mol_db.py 4KB
test_fdr.py 4KB
test_formula_img_validator.py 4KB
fdr.py 4KB
dataset_reader.py 4KB
util.py 4KB
util.py 4KB
test_ion_centroids_gen.py 4KB
test_search_results.py 4KB
acq_geometry_factory.py 3KB
search_results.py 3KB
test_dataset.py 3KB
test_msm_basic_search.py 3KB
msm_basic_search.py 3KB
update_es_index.py 3KB
test_work_dir.py 3KB
test_queue.py 2KB
isocalc_wrapper.py 2KB
update_db_thumbnails.py 2KB
test_dataset_reader.py 2KB
test_formulas.py 2KB
mol_structure_svg_gen.py 2KB
run_molecule_search.py 2KB
set_md_type.py 2KB
test_imzml_txt_converter.py 2KB
ims_geometry_factory.py 1KB
test_runner.py 1KB
test_mol_db.py 1KB
test_isocalc_wrapper.py 1KB
test_formula_imager_segm.py 1KB
test_imzml_txt_converter_db.py 1KB
run_sm_daemon.py 948B
lcms_geometry_factory.py 923B
search_algorithm.py 855B
create_es_index.py 817B
test_png_generator.py 712B
rtd_gen_docs.py 696B
setup.py 627B
__init__.py 578B
mzml_reading.py 543B
errors.py 497B
mzml_parser.py 338B
test_search_job.py 172B
__init__.py 21B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
test.py 0B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
index.rst 608B
env.sh 167B
run.sh 155B
create_schema.sql 2KB
config.json.template 3KB
sm-env.sh.template 103B
rtd_requirements.txt 275B
config.yml 3KB
environment.yml 540B
environment.yml 532B
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愛幻想的小水瓶
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