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deep-molecular-massspec:使用深度学习的小分子质谱
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2021-05-03
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用于有机分子的电子电离质谱的深度学习 该存储库随附 ,和ACS中央科学2019 5(4),700-708 DOI:10.1021 / acscentsci.9b00085 介绍 我们使用应用于各种分子表示的深度学习技术预测分子的质谱图。 使用定制的库匹配任务评估性能行为。 在此任务中,我们通过将分子光谱与标记光谱库进行匹配来识别分子。 作为基线,该文库包含NIST主文库中的所有分子,其模仿了实验化学家当前使用的行为。 为了测试我们的预测,我们用模型中的光谱预测替换了库的某些部分。 下面将更详细地描述此任务。 所需包装: 建议在Python 3.6环境中使用来安装这些软件包。 此处所需的大多数软件包都可以使用conda install tensorflow = 1.13 rdkit matplotlib和pip install absl-py进行安装。 进行模型预测的快速入门指南 创建目
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deep-molecular-massspec-master.zip (49个子文件)
deep-molecular-massspec-master
.gitignore 43B
train_test_split_utils.py 8KB
feature_utils.py 10KB
util_test.py 6KB
library_matching_test.py 16KB
make_predictions_from_tfrecord.py 7KB
spectra_predictor_test.py 4KB
__init__.py 576B
CONTRIBUTING.md 1KB
LICENSE 11KB
parse_sdf_utils_test.py 28KB
feature_map_constants.py 1KB
mass_spec_constants.py 3KB
make_train_test_split_test.py 10KB
testdata
test_14_record.gz 19KB
test_14_mend.sdf 20KB
test_dataset_config_file.json 327B
test_14_mend_all_valid.sdf 18KB
test_14.spectra_library.npy 94KB
test_14_record.gz.info 3B
test_14_record.inchikey.txt 28B
test_2_mend.sdf 4KB
README 437B
molecule_estimator.py 12KB
examples
pentachlorobenzene.sdf 3KB
neims_toc.jpeg 112KB
README.md 3KB
molecule_estimator_test.py 8KB
molecule_predictors.py 19KB
spectra_predictor.py 8KB
util.py 8KB
test_utils.py 743B
gather_similarites.py 2KB
plot_spectra_utils.py 16KB
make_predictions.py 7KB
similarity.py 6KB
make_train_test_split.py 19KB
parse_sdf_utils.py 26KB
feature_utils_test.py 4KB
library_matching.py 23KB
dataset_setup_constants.py 9KB
make_spectra_prediction.py 2KB
Model_Retrain_Quickstart.md 1KB
training_splits
train_set_smiles.txt 8.25MB
train_set_inchikey.txt 6.33MB
test_set_smiles.txt 299KB
validation_set_smiles.txt 301KB
test_set_inchikey.txt 317KB
validation_set_inchikey.txt 317KB
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亲爱的薄荷绿
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