带有Lithops的无服务器METASPACE
该存储库演示了如何使用在云资源上运行。
METASPACE是用于空间代谢组学的云引擎,可对成像质谱数据进行分子注释。 它需要一个成像质谱数据集并输出在数据集中表示的分子(例如代谢产物和脂质),并具有指定的分数和错误的发现率。 METASPACE是免费和开放源代码,由的欧洲和美国的慷慨资助下开发。 全世界有超过500个用户在使用这个不断增长的社区。 有关更多信息,请访问。
注释高分辨率成像质谱数据通常需要多个CPU天和超过100GB的临时存储,这通常使它无法在典型的台式计算机上运行。 Lithops允许将处理几乎无缝地转移到云计算资源,在管道的密集阶段快速扩展以使用您选择的云中可用的计算能力(例如IBM Cloud中的1000个并行调用),并在不密集的过程中进行缩减可并行化的阶段以最小化成本。
该存储库包括注释管道的两个变体实现,可以通
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