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FitnessInference:谱系树上叶子的预测适应度
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2021-06-07
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从树的形状推断适合度 此存储库包含与手稿相关的代码 Neher、Russell、Shraiman:“从家谱树的形状预测进化”。 接受在 eLife 发表 目录predict_src包含用于适应度推断和预测算法的代码库以及用于保存序列数据和树适应的类。 目录flu包含特定于我们分析历史流感数据的代码、生成图形的脚本、流感序列和注释、分析结果和图形文件。 目录toy_data包含模拟基于 FFPopSim 库构建的适应种群的代码。 此外,它还包含用于分析此模拟数据、数据本身和结果数字的脚本。 通过局部分支指数 (LBI) 对序列进行排序 脚本rank_sequences.py是预测工具的简单包装器,它将多序列比对和外群的名称作为输入(该外群需要在 MSA 中)。 它生成一个文件夹,其中包含序列的排序、推断的祖先序列、重建的树,以及可选的标记树的 pdf。 此脚本使用局部分支索引 (LBI)
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FitnessInference-master.zip (69个子文件)
FitnessInference-master
.gitignore 1KB
toydata
src
translate_binary_fasta.py 550B
annotate_toy_data.py 943B
analyze_toy_data_polarizer.py 3KB
analyze_toy_data.py 3KB
flusim.cpp 6KB
figure_scripts
Fig2_supplements.py 6KB
Fig3_polarizer.py 6KB
Fig5_propagator_illustration.py 4KB
analysis_utils_toy_data.py 5KB
Fig2_toy_data_fitness_inference.py 5KB
submit_scripts
submit_script.py 961B
run_flu_simulation.py 987B
run_missing_flu_simulation.py 705B
run_sim_flu_analysis.py 1KB
remove_analysis_files.py 204B
rename_files.py 617B
run_missing_sim_flu_analysis.py 1KB
analyze_multiple_toy_data.py 449B
LICENSE 1KB
flu
data
H3N2_annotations.pickle.gz 1.04MB
H3N2_HA1_all_years_filtered.fasta.gz 460KB
src
analyze_correlation.py 4KB
clade_frequency_correlations.py 5KB
prediction_statistics.py 4KB
test_flu_prediction.py 15KB
polarizer_statistics.py 4KB
dfit_mutations_correlations_polarizer.py 3KB
predict_flu.py 14KB
analyze_HA1.py 6KB
analysis_may_feb.tar.gz 4.47MB
sequence_and_annotations
get_optimal_seqs.py 3KB
make_annotations_file_gisaid.py 3KB
muscle_combine_alignments.py 767B
count_strains_by_year_region.py 3KB
find_duplicates.py 1KB
add_sequence_to_file.py 905B
filter_gisaid_by_full_date.py 1KB
get_L_L_H3N2_predictions.py 1KB
curate_HA1_seqs.py 898B
root_tree.py 792B
make_list_of_places.py 2KB
remove_outliers_from_seqs.py 720B
muscle_batch_align.py 288B
make_annotations_file.py 3KB
muscle_script.sh 34B
figure_scripts
fig4_s1_parameter_dependence.py 6KB
flu_figures_inference.py 13KB
flu_figures_polarizer.py 10KB
T1_delta_fitness_mutation_table.py 4KB
analysis_utils.py 6KB
flu_examples_fig4ab_polarizer.py 4KB
flu_examples_fig4ab_inference.py 4KB
submit_scripts
run_missing_flu_prediction.py 2KB
run_flu_prediction.py 1KB
make_flu_trees.py 1KB
infer_fitness.py 6KB
examples
H3N2_2013-5-1_2014-2-28.fasta.gz 8KB
H3N2_2012-5-1_2013-2-28.fasta.gz 10KB
mers_seqs_20140818.fasta.gz 100KB
README.md 4KB
rank_sequences.py 6KB
prediction_src
node_ranking.py 10KB
ancestral.py 9KB
solve_survival.py 12KB
tree_utils.py 12KB
fitness_inference.py 14KB
sequence_ranking.py 11KB
README 2KB
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梦小露
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