rRNAFinder:快速核糖体RNA检测器和注释器-开源

rRNAFinder是一个很小的perl软件包，可以使用组装好的基因组/元基因组重叠群作为输入来自动预测和分类核糖体RNA基因。 该软件仅在Linux操作系统上进行了测试。 软件包中包含的“ rRNAFinder.pl”程序使用nhmmer程序对arc.hmm，bac.hmm和euk.hmm数据库进行搜索，以从输入重叠群中识别rRNA基因。 预测的rRNA基因包括16S，18S，23S，28S，5S和5.8S rRNA基因。 “ rna2taxon.pl”程序接受上面生成的fasta格式rRNA基因序列作为输入，以产生输入基因的分类分配。 使用blastn在下载并重新格式化的SILVA SSU和LSU数据库中搜索输入的rRNA基因序列。 请参考位于https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder的rRNAFinder GitHub存储库中的README.md文件，以获取有关配置和运行rRNAFinder的说明。