单细胞分析课程2021年：表观遗传学研究所和功能表观遗传学研究所2021年单细胞分析课程的公共资源库

单细胞分析技术是近年来生物学研究领域的一大突破，它允许研究人员在单个细胞水平上解析复杂的生物系统，揭示细胞间的异质性。2021年的单细胞分析课程聚焦于这一前沿技术，为科研人员提供了深入理解和应用单细胞分析方法的宝贵资源。 本课程的核心内容可能涵盖以下几个关键知识点： 1. **单细胞测序技术**：介绍单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC-seq（用于表观遗传学研究）、单细胞DNA甲基化测序等方法，以及它们的工作原理和实验流程。 2. **数据预处理与质量控制**：讲解如何对单细胞测序产生的原始数据进行质量检查、过滤、归一化和批次效应校正等步骤，以确保数据分析的准确性。 3. **细胞类型识别与聚类分析**：介绍如何利用聚类算法（如DBSCAN、Seurat、Scanpy等）对单细胞表达数据进行分析，识别不同类型的细胞群并理解细胞状态。 4. **差异表达基因分析**：阐述如何找出不同细胞群之间表达显著差异的基因，这些基因可能是细胞功能或状态变化的关键标志物。 5. **细胞间相互作用研究**：探讨如何通过单细胞转录组数据推断细胞间的通信网络，如细胞间信号通路和细胞间相互作用的识别。 6. **功能注释与富集分析**：讲解如何将鉴定出的基因集合与已知的生物学通路、功能注释或疾病关联进行比较，以理解细胞功能和潜在的病理过程。 7. **单细胞表观遗传学**：深入讨论单细胞ATAC-seq和单细胞DNA甲基化测序在揭示染色质可及性和表观遗传调控中的应用，以及这些数据如何与转录组数据结合，以揭示基因表达调控的多层次机制。 8. **多模态数据整合**：介绍如何将不同类型的单细胞数据（如转录组和表观遗传学数据）进行联合分析，以获取更全面的细胞特性视图。 9. **案例研究与实践**：可能包括来自实际科研项目中的案例，展示如何运用上述方法解决具体生物学问题，提供实际操作的指导。 10. **软件工具与平台**：介绍常用的单细胞数据分析软件和在线平台，如Cell Ranger、Seurat、Scanpy、/single-cell expression atlas等，以及如何使用它们进行数据分析。 这个课程不仅涵盖了理论知识，还可能包括实际操作的教程和练习，旨在帮助学员掌握单细胞分析的基本技能，并能够将其应用于实际的科研项目中。对于有兴趣在表观遗传学和功能表观遗传学领域从事研究的学者来说，这是一个不可多得的学习机会。通过深入学习，可以提升在复杂生物系统研究中的洞察力，推动科学的进一步发展。