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scFunctions:单细胞数据分析功能
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2021-05-28
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scFunctions Florian Wuennemann的单细胞数据分析功能集合。 主要对Seurat对象进行操作。 有关Seurat和对象结构的更多信息,请参见 。 安装 使用devtools install_github函数安装软件包,如下所示: library(devtools) install_github("FloWuenne/scFunctions") SCENIC功能 您可以在此[tutorial]中找到有关如何使用此软件包中的功能来进一步处理和分析SCENIC结果的指南):
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scFunctions-master.zip (65个子文件)
scFunctions-master
.gitignore 29B
NAMESPACE 932B
R
binarize_regulons_nextflow.R 1KB
extract_data_for_shiny_clustering.R 2KB
binarize_regulons.R 1KB
plot_csi_modules.R 1KB
calculate_rrs.R 3KB
prepare_clustering_for_shiny.R 4KB
auc_thresh_kmeans.R 2KB
Impute_Seurat_MAGIC.R 2KB
perform_fgsea.R 5KB
export_seurat_to_shiny_scCluster.R 4KB
summarize_cell_types.R 3KB
plot_bin_regulon_UMAP.R 2KB
export_data_from_seurat.R 2KB
auc_thresh_kmeans_nextflow.R 2KB
calc_csi_module_activity.R 2KB
plot_rrs_ranking.R 3KB
calculate_csi.R 2KB
DE_Seurat.R 11KB
.Rbuildignore 28B
.DS_Store 6KB
man
binarize_regulons.Rd 934B
plot_bin_regulon_UMAP.Rd 987B
auc_thresh_kmeans_nextflow.Rd 1KB
perform_fgsea.Rd 972B
prepare_clustering_for_shiny.Rd 1KB
calculate_csi.Rd 644B
DE_Seurat.Rd 2KB
calc_csi_module_activity.Rd 545B
plot_csi_modules.Rd 660B
binarize_regulons_nextflow.Rd 1KB
summarize_cell_types.Rd 1KB
export_seurat_to_shiny_scCluster.Rd 1KB
auc_thresh_kmeans.Rd 920B
impute_seurat_MAGIC.Rd 704B
calculate_rrs.Rd 854B
extract_data_for_shiny_clustering.Rd 2KB
plot_rrs_ranking.Rd 1KB
export_data_from_seurat.Rd 839B
README.md 621B
example_data
regulonAUC_subset.Rds 2.24MB
metadata_sub.Rds 63KB
scFunctions.Rproj 386B
Tutorials
process_SCENICprotocol.Rmd 677B
Rplot001.jpeg 72KB
process_SCENIC.md 28KB
process_SCENICprotocol.html 615KB
process_SCENIC_files
figure-gfm
unnamed-chunk-19-1.png 12KB
unnamed-chunk-17-1.png 113KB
unnamed-chunk-20-1.png 45KB
unnamed-chunk-22-1.png 17KB
unnamed-chunk-12-1.png 21KB
unnamed-chunk-15-1.png 3KB
unnamed-chunk-13-1.png 53KB
unnamed-chunk-21-1.png 17KB
figure-markdown_strict
unnamed-chunk-19-1.png 12KB
unnamed-chunk-17-1.png 113KB
unnamed-chunk-20-1.png 44KB
unnamed-chunk-12-1.png 20KB
unnamed-chunk-15-1.png 112KB
unnamed-chunk-13-1.png 53KB
unnamed-chunk-21-1.png 18KB
process_SCENIC.Rmd 16KB
DESCRIPTION 686B
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