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rxdock:RxDock是rDock的分支。 笔记-git source code
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2021-03-25
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RxDock:一种快速,通用且开源的程序,用于将配体对接至蛋白质和核酸 RxDock是一种快速且通用的开源对接程序,可用于将小分子与蛋白质和核酸对接。 它专为高通量虚拟筛选(HTVS)活动和绑定模式预测研究而设计。 RxDock主要用C ++编写,附件脚本和程序用C ++,Perl或Python语言编写。 完整的RxDock软件包需要少于50 MB的硬盘空间,并且可以在所有Linux计算机中编译(仅此刻)。 由于其设计和实现,它可以安装在计算群集上并可以部署在无限数量的CPU上,从而使HTVS活动可以在几天之内完成。 除了主要的Docking程序外,RxDock软件包还提供了一组工具和脚本,以方便准备输入文件以及对结果进行后处理和分析。 关于 特征 对接准备 使用已知的活页夹或用户提供的3D坐标定义腔体。 允许-OH和-NH2受体侧链旋转。 添加明确的溶剂分子和结构水。 提供药效
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