没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
OMPARE:OMics患者报告
共106个文件
r:100个
gitattributes:1个
rst:1个
需积分: 5 0 下载量 133 浏览量
2021-03-19
05:03:18
上传
评论
收藏 190KB ZIP 举报
温馨提示
Omics患者报告 作者: 科莫尔·拉西(Komal S Rathi)皮猜·拉曼(Pichai Raman) 接触: 组织: D3B,CHOP 状态: 这是“进行中的工作” 日期: 2021-03-18 先决条件 克隆存储库。 安装R软件包: # install packages Rscript code/utils/install_pkgs.R # NOTE: ggnetwork v0.5.1 is required 下载参考数据: # get reference data from s3 aws s3 --profile saml s3://d3b-bix-dev-data-bucket/PNOC008/Reference /path/to/OMPARE/data/reference 从数据交付项目中下载输入文件: 副本编号: *.CNVs.p.value.txt 副本编号:
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
OMPARE:OMics患者报告 (106个子文件)
.gitattributes 42B
.gitignore 286B
d3b_Logo.png 88KB
gsea_enrichment.R 13KB
pnoc_format.R 13KB
create_heatmap.R 11KB
patient_level_driver.R 9KB
plot_oncogrid.R 6KB
prepare_files_oncogrid.R 6KB
run_cemitools.R 6KB
drug_dge_density_plots.R 6KB
tis_profile.R 6KB
rnaseq_analysis_edgeR.R 5KB
read_patient_data.R 5KB
pathway_analysis.R 5KB
rnaseq_analysis_zscore.R 5KB
data_formatting_functions.R 5KB
03-merge_oncokb_annotated.R 5KB
all_findings.R 4KB
key_clinical_findings.R 4KB
load_reference.R 4KB
circos_plot.R 4KB
prepare_tcga_mut_analysis_tcgabiolinks.R 4KB
ssgsea.R 4KB
mutational_analysis.R 4KB
01-format_for_oncokb.R 3KB
enrichment_output.R 3KB
run_OMPARE.R 3KB
tmb_profile.R 3KB
drug_pathways.R 3KB
rnaseq_edger_normalizations.R 3KB
run_rnaseq_analysis.R 3KB
pbta_format.R 2KB
tcga_format.R 2KB
load_libraries.R 2KB
filter_germline_vars.R 2KB
pubTheme.R 2KB
create_project_dir.R 2KB
02-run_annotator.R 2KB
network_plot.R 2KB
annotate_mutations.R 2KB
04-merge_oncokb_annotated_actionable_genes.R 2KB
tumor_signature_plot.R 2KB
install_pkgs.R 2KB
create_clinfile.R 2KB
dim_reduction_plot.R 2KB
upload_reports.R 2KB
disease_specific_information.R 2KB
immune_profile.R 1KB
p2_diffexpr_genes_barplot.R 1KB
filter_fusions.R 1KB
create_copy_number.R 1KB
01-collapse-matrices.R 1KB
diffexpr_genes_barplot.R 1KB
p2_diffreg_pathways_barplot.R 1KB
diffreg_pathways_barplot.R 1KB
genomic_summary.R 1KB
create_cancer_genelist.R 1KB
p10_run_oncokb.R 1KB
create_germline_marker_list.R 991B
collapse_rnaseq.R 978B
p10_transcriptome_drug_rec.R 965B
filter_cnv.R 861B
p1_filter_germline_vars.R 859B
filter_mutations.R 836B
p5_dim_reduction_plot_pediatric.R 792B
p6_dim_reduction_plot_adult.R 772B
define_directories.R 765B
p5_mutational_analysis_pediatric.R 754B
p6_mutational_analysis_adult.R 734B
view_dt.R 675B
p5_immune_profile_topcor_pediatric.R 665B
kaplan_meier.R 651B
p8_cnv_exp_heatmap.R 637B
p4_immune_profile_pediatric.R 613B
p5_transcriptomically_similar_pediatric.R 607B
p5_pathway_analysis_pediatric.R 605B
p6_transcriptomically_similar_adult.R 599B
p4_immune_profile_adult.R 597B
p3_tmb_profile.R 595B
p1_disease_specific_information.R 588B
p4_tis_profile.R 578B
transcriptome_drug_rec.R 561B
p6_pathway_analysis_adult.R 557B
p5_kaplan_meier_pediatric.R 507B
p10_drug_pathways.R 507B
p1_genomic_summary.R 507B
p5_ssgsea.R 504B
p6_kaplan_meier_adult.R 499B
p1_patient_sample_info.R 478B
p7_network_plot.R 469B
p1_key_clinical_findings.R 458B
p3_tumor_signature_plot.R 431B
p7_circos_plot.R 414B
cnv_plot.R 362B
p9_oncogrid.R 340B
p1_all_findings.R 324B
p7_cnv_plot.R 322B
p10_drug_dge_density_plots.R 322B
batch_correct.R 298B
共 106 条
- 1
- 2
资源评论
龙猫美术的世界
- 粉丝: 16
- 资源: 4723
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
最新资源
- 解决未在远程桌面会话中捕获到鼠标,vmguest.iso软件分享给大家
- JSP+SQL基于WEB的开放性实验管理系统设计与实现(源代码+论文+开题报告+中英文献+答辩PPT).rar
- log4net配置文件!!!!!!!!!!!!!!!!!
- 河南统计面板数据集(2010-2022年).xlsx
- OrcaleDBHelper帮助类!!!!!!!!!!!!
- log4net帮助类,用来写日志!!!!!!!!!!!!!
- Windows10时间同步源
- 信呼OA系统2.1.7版源码
- 3122080306 邹子轩 实验报告二.docx
- 基于STM32 NUCLEO板设计彩色LED照明灯(纯cubeMX开发)(大赛作品,文档完整,可直接运行)
资源上传下载、课程学习等过程中有任何疑问或建议,欢迎提出宝贵意见哦~我们会及时处理!
点击此处反馈
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功