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pytorch-3dunet PyTorch实施3D U-Net及其变体: 基于3D U-Net的标准3D U-Net ÖzgünÇiçek等人。 基于残差3D U-Net。 该代码允许对U-Net进行以下方面的训练:语义分割(二进制和多类)和回归问题(例如降噪,学习解卷积)。 二维U网 也可以训练标准2D U-Net,有关示例配置,请参见 。 只需确保将单例z维保留在H5数据集中(即(1, Y, X)而不是(Y, X) ),因为数据加载/数据扩充始终需要3级张量。 先决条件 Linux NVIDIA GPU CUDA CuDNN 在Windows上运行 该软件包尚未在Windows上进行过测试,但是有报告称该软件包已在Windows上使用。 要记住的一件事:在使用CrossEntropyLoss进行训练时:配置文件中的标签类型应该从long更改为int64 ,否则会出现错误:
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pytorch-3dunet-master.zip (64个子文件)
pytorch-3dunet-master
setup.py 344B
.gitignore 216B
conda-recipe
README.md 614B
build.sh 25B
meta.yaml 728B
resources
sample_ovule.h5 13.5MB
train_config_regression.yaml 5KB
3DUnet_lightsheet_nuclei
train_config.yaml 7KB
root_nuclei_t30_pred.png 51KB
test_config.yaml 2KB
root_nuclei_t30_raw.png 245KB
test_config_regression.yaml 2KB
3DUnet_lightsheet_boundary
root_movie1_t45_raw.png 43KB
test_config.yml 886B
root_movie1_t45_pred.png 59KB
train_config.yml 3KB
3DUnet_confocal_boundary
test_config.yml 804B
ovules_raw.png 280KB
ovules_pred.png 144KB
train_config.yml 3KB
2DUnet_dsb2018
test_config.yml 1KB
5f9d29d6388c700f35a3c29fa1b1ce0c1cba6667d05fdb70bd1e89004dcf71ed.png 139KB
5f9d29d6388c700f35a3c29fa1b1ce0c1cba6667d05fdb70bd1e89004dcf71ed_predictions.png 80KB
train_config.yml 3KB
train_config_dice.yaml 6KB
test_config_dice.yaml 2KB
.travis.yml 1KB
environment.yaml 214B
.bumpversion.cfg 138B
LICENSE 1KB
README.md 13KB
tests
test_transforms.py 9KB
conftest.py 1KB
test_trainer.py 6KB
__init__.py 0B
resources
sample_ovule.h5 13.5MB
config_train_2d.yml 2KB
config_test.yml 2KB
transformer_config.yml 884B
config_train.yml 2KB
test_criterion.py 7KB
test_predictor.py 2KB
test_dataset.py 6KB
pytorch3dunet
datasets
__init__.py 0B
utils.py 15KB
hdf5.py 16KB
dsb.py 5KB
unet3d
trainer.py 22KB
seg_metrics.py 4KB
predictor.py 15KB
__init__.py 0B
utils.py 12KB
config.py 1022B
metrics.py 16KB
buildingblocks.py 18KB
model.py 9KB
losses.py 13KB
__init__.py 37B
__version__.py 22B
predict.py 2KB
augment
transforms.py 28KB
__init__.py 0B
transformer-test.ipynb 3.99MB
train.py 1KB
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