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MicrobiomeUtilities-开源
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2021-04-28
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一套用于处理和分析16S rRNA基因的软件实用程序,包括生成NAST比对,嵌合体检查以及根据参考序列同源性组装成对的16S rRNA读数。
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MicrobiomeUtilities-开源 (152个子文件)
accs 55KB
AMOScmp 2KB
microbiomeutil.asciidoc 14KB
old.microbiomeutil.asciidoc 7KB
NAST-iEr.c 14KB
HMP_MOCK_16S_references.fasta.cidx 9KB
reads.quals.cidx 6KB
reads.fasta.cidx 6KB
rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta.cons 73KB
DE_quantiles.dat 1KB
rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta 38.66MB
rRNA16S.gold.fasta 8.33MB
rRNA16S.toChimerize.fasta 7.65MB
HMP_MOCK_16S_references.fasta 168KB
reads.fasta 56KB
query_seq.fasta 1KB
broad-hmp-banner.gif 46KB
WigeoN.AllVsAllReferences.txt.gz 105.23MB
microbiomeutil.html 31KB
broad-logo.jpg 167KB
top-hmp.jpg 11KB
LICENSE 1KB
LICENSE 1KB
LICENSE 1KB
LICENSE 1KB
LICENSE 1KB
formatdb.log 3.72MB
formatdb.log 3.1MB
reads.fasta.asm.log 48KB
Makefile 315B
Makefile 201B
Makefile 158B
Makefile 133B
Makefile 128B
Makefile 83B
Makefile 81B
Makefile 30B
rRNA16S.toChimerize.fasta.NAST 35.58MB
chims.NAST 77KB
chims.NAST 77KB
template_seqs.NAST 38KB
lanemask.NAST 8KB
lanemask.NAST 8KB
HMP_MOCK_16S_references.fasta.nhr 16KB
HMP_MOCK_16S_references.fasta.nin 1KB
HMP_MOCK_16S_references.fasta.nsq 39KB
output_0.02_0.7.OTUs 13KB
2percent.j0.7.OTUs 13KB
2percent.OTUs 13KB
reads.pairs 1KB
rRNA16S.toChimerize.PerID_compare 3.78MB
chimeraParentSelector.pl 27KB
ChimeraPhyloChecker.pl 25KB
WigeoN.pl 16KB
BellerophonGG.pl 13KB
PerID_Pairs_via_Taxonomy.pl 10KB
KmerChimerDetector.pl 9KB
CMCS_to_treeImg.pl 9KB
run_bellerophon_prog.pl 9KB
ChimeraSlayer.pl 9KB
run_CM_to_WigeoN.pl 8KB
run_chimeraParentSelector.pl 7KB
art_chimera_constructor.pl 7KB
PerID_Pairs_All_vs_All.pl 7KB
CPS_to_CPC.pl 6KB
run_NAST-iEr.pl 5KB
run_WigeoN.pl 4KB
tree_leaf_pairs_within_dist.pl 4KB
show_malign_no_gap_no_identical_cols.pl 3KB
show_malign_no_gap.pl 3KB
CPS_to_RENAST.pl 3KB
CS_add_taxonomy.pl 3KB
merge_CS_n_CM_breakpoints.pl 2KB
simple_art_chimera_constructor.pl 2KB
CPC_to_CPS.pl 2KB
chimera_control_extractor.pl 2KB
NAST_evolve.pl 2KB
CM_plotter.pl 2KB
eco_nast_freq.pl 1KB
apply_NAST_MASK.pl 1KB
all_vs_all_WigeoN.mod.pl 1KB
treeChopper.pl 1KB
all_vs_all_WigeoN.pl 1KB
mfasta_remove_allGapCols.pl 1KB
makeConservationProfile.pl 1KB
RDP_tack_classification_onto_fasta_header.pl 911B
write_100_chimeras_per_div.pl 879B
print.pl 867B
ROC_writer.pl 835B
smooth.pl 824B
compute_quant_bins.pl 789B
merge_CM_CS_outputs.pl 690B
iteratively_realign_db_selfsearch.pl 628B
compare_DBs.pl 619B
breakpoint_to_profile.pl 609B
tree_report_nodes.pl 514B
mfasta_remove_gaps.pl 507B
identify_conflicting_taxons.pl 483B
apply_eco_Mask.pl 454B
quant_differences.pl 415B
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逸格草草
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