MAG_Snakemake_wf:从shot弹枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组

MAG Snakemake工作流程 内容 概述 该管道可用于从短读，与宿主相关的宏基因组学数据集中恢复和评估原核MAG。 使用两个文件指定了分析的数据，该文件详细描述了要分析的联合样品和单次运行。 文件run.txt具有单次运行的SRA登录名，每行中具有不同的登录名。 文件coassembly_runs.txt指定了协同装配示例。 该文件采用表格格式，分为三列，第一列指定所得联合样品的名称。 r1和r2列指定构成每个共同装配样本的正向和反向读取的路径，每个读取路径用逗号分隔。 在这个管道中，我们使用了先前由Almeida等人分析过的一小部分肠道数据集。 有40个单次运行和2个组装样品。 联合装配样本是根据选择用于执行联合装配的元数据命名的。 如果运行不公开，则应将其放置在Snakefile的子目录data / raw中。 正向和反向读取必须分别具有扩展名_1.fastq和_2.fastq。